3D Scatterplot(3D散点图)
分析模块根据,PCA或PCOA分析的位置结果(sites文件),可由分析模块“PCA analysis and plot PCA”或“PCOA analysis and plot PCOA”生成,进行PCA或PCOA结果的3D可视化展示。
输入:
PCA或PCOA位置结果(sites文件)。
示例:
"PC1" "PC2" "PC3" "PC4" "PC5"
"Bio1" -1039.68 3247.136 717.972 830.5189
"Bio2" -2966.98 1212.454 799.9831 1572.571
"Bio3" -3846.78 -333.115 -714.098 5614.498
"Bio4" -4065.41 -5355.16 8227.647 -1730.08
"Bio5" -2416.51 1166.944 -1828.84 -242.264
"Bio6" -2196.88 3398.365 -636.104 -398.777
"Bio7" 1215.424 5804.67 585.3508 -4860.12
"Bio8" 17033.77 -736.864 1445.149 1692.697
"Bio9" 808.4387 -6455.45 -5709.28 -3165.87
"Bio10" -2525.39 -1948.98 -2887.78 686.823
样品分组信息表(可选)。
示例:
Bio1 group1
Bio2 group1
Bio3 group1
Bio4 group2
Bio5 group2
Bio6 group2
Bio8 group3
Bio10 group3
-
输出:
PCA或PCOA的3D可视化图。
示例:
注:当用户选择输入分组文件时, 可以设置两个参数:
第一个为legend的相对水平偏移量,默认值为-0.05,负值代表往右偏移,正值则相反
第二个为legend的相对垂直偏移量,默认值为0,同样,可以设置正值或者负值,负值代表垂直向上偏移,正值则相反
分析模块引用R语言(v3.2.1)scatterplot3d包(v0.3-37)中的scatterplot3d函数进行可视化作图。