TCGA数据库挖掘分析

今天为大家介绍一个进行TCGA数据库数据挖掘的网站,简单易用。

UALCAN:http://ualcan.path.uab.edu/index.html

在主页右上角有一个 TCGA Analysis选项,我们直接单击就可以打开下面的界面:

然后单击Explore就可以打开新界面:

这里我们看到分析的链接有Expression和Survival Profile,说的分别是基因的表达情况和基因表达与预后的关系,而后面的HPRD,Genecards等是相关的数据库,我们先看第一个基因S100P的Expression

也可以选择分组标准,比如分期(Major subclasses):

我们还可以看到基因与患者预后的结果关系,通过一开始界面的survival profile:

也可以点击热图聚类:

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