推荐一款好用的gene ID转换在线工具

http://www.ensembl.org/index.html

BioMart是Ensembl的一个Web工具。

点击进入上面的网址，点击BioMart，进到下图页面：

为方便演示，如何用BioMart进行gene ID转换，这里准备了一个包含15个人类的RefSeq mRNA ID列表，并转成Ensembl数据库的Gene ID。

Ensembl数据库，下拉选最新版本的Ensembl Genes 96，点击选择人类对应的数据集Human genes(GRCh38.p12)。

Human genes(GRCh38.p12)下的Filters，点击选中，在Input external reference ID list右侧下拉框选择输入的gene ID类型，这里选择RefSeq mRNA ID（s）。

接下来将准备的ID列表复制粘贴到输入框（最多可提交500个ID）

注：如果是芯片探针ID，可以选择Input microarray probes/probesets ID list下对应的ID，输入框最多可提交500个ID

点击Attributes，选择输出ID类型，这里勾选Ensembl数据库的Gene stable ID。

点EXTERNAL前面的加号[+]，可选择转成Ensembl之外其他数据的ID，并且，可将一种ID同时转成多种ID，包括GO ID。

为了将Ensembl ID与原来输入的RefSeq mRNA ID一一对应，输出结果中仍加入RefSeq mRNA ID。

点击Count按钮（标注①），可统计提交的gene ID 数和当前物种的总基因数；

点击Results按钮（标注②），可提交转换任务。

转换结果如下

点击GO按钮，可将结果以制表符分隔的文本格式下载下来。

注意，一个RefSeq mRNA ID（或NCBI gene ID）可能对应多个Ensembl gene ID，见下图：