biom转table文件

Biom-To-Table(biom转table文件)


  格式转换工具,将biom格式转换为table格式


  输入:

       biom格式的OTU Table文本文件


  输出:

OTU ID     Bio1 Bio2 Bio3 Bio4 Bio5 Bio6 Bio7 Bio8 Bio9 Bio10

OTU1        0       0       0       0       0       6       34     104   367   254

OTU2        52     335   18     49     0       0       0       0       0       0

OTU3        0       0       0       0       5       0       0       0       0       0

biom格式参考:http://biom-format.org/


  相关文献如下所示:

The Biological Observation Matrix (BIOM) format or: how I learned to stop worrying and love the ome-ome. Daniel McDonald, Jose C. Clemente, Justin Kuczynski, Jai Ram Rideout, Jesse Stombaugh, Doug Wendel, Andreas Wilke, Susan Huse, John Hufnagle, Folker Meyer, Rob Knight, and J. Gregory Caporaso.GigaScience 2012, 1:7. doi:10.1186/2047-217X-1-7



分享
上一篇:table转biom文件