FPKM Boxplot for all samples(FPKM盒形图)
分析模块,输入FPKM矩阵,绘制样品表达量盒形图,对不同实验条件下样品的基因表达水平进行比较。
输入:
1、FPKM矩阵(FPKM Matrix)。
示例:
T4 T5 T6 T7 T8 T9
BM590_A0001 390.11 379.54 386.52 288.73 372.47 327.73
BM590_A0002 350.06 310.51 328.78 175.32 249.21 210.62
BM590_A0003 222.52 219.54 209.39 174.45 97.20 240.38
BM590_A0004 406.46 494.13 414.62 825.09 2678.41 555.67
BM590_A0005 605.70 755.09 643.55 1184.73 2980.14 568.58
BM590_A0006 306.72 311.16 351.08 282.26 204.19 310.56
……
2、样品分组信息表(可选)。
示例:
T4 group1
T5 group1
T6 group1
T7 group2
T8 group2
T9 group2
输出:
FPKM盒形图。
示例:
注:横坐标为样品名称,纵坐标为log2(fpkm+1),每个区域的盒形图对五个统计量(至上而下分别为最大值,上四分位数,中值,下四分位数和最小值)。
如果提供分组文件,那么,同一组内的样品,用同一种颜色标识。
分析模块引用R语言(v3.2.1)ggplot2包(v2.2.1)中的boxplot相关功能进行盒形图的绘制。