客户文献山羊转录组分析揭示免疫相关基因的差异表达

文章设计简洁明了，分析思路清晰，在转录组分析中值得借鉴。

1、通过RT-PCR和qRT-PCR测定，山羊PBMC被BVDV-2成功感染。感染后12 h的RNA-Seq分析结果显示感染和模拟感染的PBMC之间有499个差异表达的基因。在这些基因中，97个被上调，其余352个基因被下调。

鉴定山羊PBMC中的病毒感染。A.在BVDV-2感染后6、12和24小时通过RT-PCR扩增5'UTR。泳道1：12hpi的模拟感染PBMC；泳道：6hpi感染的PBMC；泳道3：12hpi感染的PBMC；泳道4：24hpi感染的PBMC；泳道5：DNA Marker DL-2000 plus。B. 在不同时间点通过qRT-PCR检测山羊PBMC中的病毒基因组拷贝数。

2、GO富集分析发现鉴定的DEG在运动/定位、免疫应答、炎症反应、防御反应、细胞因子产生的调节等方面显著富集。

3、为了进一步定义DEGs功能，进行了KEGG通路/富集分析。发现差异基因在15种通路中显著富集的：细胞因子-细胞因子受体相互作用，TNF信号通路，趋化因子信号通路，补体和凝血级联和NOD样受体信号通路等。

4、蛋白与蛋白相互作用（PPI）网络分析表明大多数DEG与先天或适应性免疫应答，炎症反应和细胞因子/趋化因子介导的信号传导途径有关。在上调的基因中，TNF, IL-6, IL-10, IL-12B, GM -CSF, ICAM1, EDN1, CCL20,CXCL10和CCL5位于网络的核心，并与许多其他DGE相连；对于下调基因，关键点包括CCL2, MAPK11, MAPK13, CSF1R和LRRK1等，它们与更多基因相关。

差异基因PPI网络基于STING分析结果和折叠变化信息。上调的基因以红色显示，下调的基因以蓝色显示，梯度显示表达程度。

5、为了进一步验证RNA-Seq数据，选择了18个与免疫应答相关的DEG用于qRT-PCR分析。RNA-Seq和qRT-PCR结果之间的相关系数很高（R² = 0.91）。通过Western印迹或ELISA进一步测定一些DEG，膜联蛋白A2的表达明显下降（下图a），TNF-α，GM-CSF和IL-6的表达显着增加（下图b）。此外，Viperin（用作对照）表达显示感染组和模拟感染组之间没有变化，这与RNA-Seq结果一致。这些结果证实RNA-Seq鉴定的差异表达基因是可靠的。