EXCEL小技巧助力转录组数据挖掘

下面，咱们就来看看用EXCEL的函数，简单快捷的实现，将多个表格里面，相同的基因ID对应的信息整理在一起。






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首先通过差异倍数或者GO和KEGG的富集分析结果，挑选出一些目的基因，示例如下：






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添加表达量信息，打开expression表格，总表中是所有基因的reads count和FPKM，我们将FPKM添加到目的基因表格中:






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在1中的表格的B列，输入=VLOOKUP(可以将不同表格对应起来的值，需要对应的信息所在的表格，对应后需要输出的信息在表格的哪一列，匹配时使用精确匹配)

对应在表格中即为=VLOOKUP(A2(即1中的基因ID，因为两个表格可以对应的是基因ID)，[Expression.xlsx]Sheet1!$A:$F（需要对应的是Expression.xlsx表格的Sheet1的A-F列，也可以选择全表）,4（即需要输出的是第一个样本的FPKM值，该结果在选中的表达量的表格的区域，在第4列的位置）,FALSE（即匹配时使用精确匹配）)

这样就可以直接目的基因在获得KB样本的FPKM值，同理可以在下一列输入：

=VLOOKUP(A2(即1中的基因ID，因为两个表格可以对应的是基因ID)，[Expression.xlsx]Sheet1!$A:$F（需要对应的是Expression.xlsx表格的Sheet1的A-F列，也可以选择全表）,6（即需要输出的是第二个样本的FPKM值，该结果在选中的表达量的表格的区域，在第6列的位置）,FALSE（即匹配时使用精确匹配）)，从而获得F列Gab样本的FPKM:






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按照相同的方法，可以将基因的注释也加入到第一部分的目的基因表格中，需要的信息在annotation表中的话，注释表格如下：

输入：

=VLOOKUP(A2(即1中的基因ID，因为两个表格可以对应的是基因ID)，[Annotation.xlsx]Sheet1!$1:$1048576（需要对应的是Annotation.xlsx]表格的Sheet1的全表）,7（即需要输出的基因的名字，该结果在选中的表格的区域的第7列的位置）,FALSE（即匹配时使用精确匹配）)






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第一行的第一个基因需要的信息均调取过来后，可以点击单元格的右下角，出现“+“后，双击，即可获得所有行的信息：

按照以上的方法，基本可以实现同一个基因，在不同表格中的信息的调取，不管是表达量，注释信息还是其他的对应信息都可以按照此方法操作，如此实用的技巧赶紧get起来！！







！！！但是需要注意的一点！！！


一定要保证，做对应关系的值，即上文所说的基因ID，也可以是其他的，像基因name等，该值在对应的需要搜索的表格中，即上述提到的表达量的表，注释表，或者其他需要对应的表中，必须是选择区域的第一列，如下面所示：

目标基因的信息提供的是gene name，需要调取的是基因的ID，

对应的注释表格，应该将name放到需要的信息gene id的前面才可以使用。


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