FPKM Scatterplot for two samples(两样品间FPKM散点图)
分析模块,输入FPKM矩阵,绘制指定两个样品的FPKM散点图。
输入:
FPKM矩阵(FPKM Matrix)。
示例:
T4 T5 T6 T7 T8 T9
BM590_A0001 390.11 379.54 386.52 288.73 372.47 327.73
BM590_A0002 350.06 310.51 328.78 175.32 249.21 210.62
BM590_A0003 222.52 219.54 209.39 174.45 97.20 240.38
BM590_A0004 406.46 494.13 414.62 825.09 2678.41 555.67
BM590_A0005 605.70 755.09 643.55 1184.73 2980.14 568.58
BM590_A0006 306.72 311.16 351.08 282.26 204.19 310.56
……
设置:
Choose Sample in FPKM matrix in numerical column, for X-axis:2,列对应样本T4。
Choose Sample in FPKM matrix in numerical column, for Y-axis:3,列对应样本T5。
输出:
对应两个样品的FPKM散点图。
示例:
注:每个点代表一个基因,横纵坐标为对应样品的log2(fpkm+1)值。左图,添加了一元线性回归拟合直线。r为两个样本间的皮尔逊相关系数。
分析模块引用R语言(v3.2.1)中的plot函数进行图形的绘制。