铁死亡相关的标志物和调控因子 以及铁死亡关联疾病的数据库

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铁死亡相关的标志物和调控因子
以及铁死亡关联疾病的数据库


正文内容：
铁死亡(Ferroptosis)是一种铁依赖性的调节性细胞死亡方式，是区别于细胞凋亡、细胞坏死、细胞自噬的新型的细胞程序性死亡方式。铁死亡的过程很复杂，由多种代谢物和生物分子组成，铁死亡的主要机制是在二价铁或酯氧合酶的作用下，催化细胞膜上高表达的不饱和脂肪酸，发生脂质过氧化，从而诱导细胞死亡。此外，还表现在抗氧化体系（谷胱甘肽系统）的调控GPX4的降低。

为了有效组织和利用铁死亡的相关数据，构建了FerrDb数据库(http://www.zhounan.org/ferrdb)，它是铁死亡相关的标志物和调控因子以及铁死亡关联疾病的数据库。该数据库从PubMed数据库下载了784篇关于铁死亡的文章，并从中提取铁死亡的调控因子和标志物以及相关疾病。

FerrDb中数据集主要分为三类。基因被细化为驱动基因、抑制基因和基因标志物，而小分子被细化为诱导因子和抑制因子。驱动基因、抑制基因、诱导因子和抑制因子是铁死亡的调控因子，其中驱动基因和诱导因子正向调控铁死亡，而抑制基因和抑制因子则负向调控铁死亡。但基因标志物不能调控铁死亡，但它们可以表明发生了铁死亡。铁死亡通过两种方式（加重或减轻）影响疾病的发展。


FerrDb中注释为铁死亡的调控因子、基因以及小分子必须拥有明确的证据证明其在铁死亡中的调节作用。FerrDb为每个注释指定了一个置信度，以指示其可靠性。


在铁死亡相关文献中发现了259个基因，这些基因的注释揭示了108个驱动基因，69个抑制基因和111个基因标志物。一些基因属于多个注释集，如venn图所示。并且，发现76种小分子在调控铁死亡中起作用，这些小分子中的35个被标记为诱导剂，而41个被标记为抑制剂。同时，还发现的95种铁死亡关联的疾病，其中铁死亡在加剧49种疾病中发挥作用，在减轻46种疾病中发挥作用。


FerrDb数据库的Home页面清晰、简洁，可以在搜索栏在选定Gene或者All后直接搜索感兴趣的基因或者小分子，也可以根据自己感兴趣的方面查看全部Drivers、Suppressors、Inducers、Inhibitors、Markers和Disease。


以SLC1A5为例搜索后，可以看到SLC1A5的详细信息，找到的项目显示在相应数据集下的表格中，否则，将显示“No found in this category”作为注释。

FerrDb数据库的Browse下拉栏中包括Drivers、Suppressors、Inducers、Inhibitors、Markers、Disease和Multirole regulator，点击感兴趣的部分进入相关结果信息。
1.若点击基因相关的Drivers部分，基因显示在行中，注释显示在列中。细节部分：点击末尾省略号按钮可显示完整文本信息；点击Pathway中“View”显示调控途径，其中橙色代表抑制，绿色代表促进；并且还包括了该基因的相关详细信息。


2.若点击小分子相关的Drivers部分，则会显示相关小分子、结构和文献等内容。


3.若点击Disease部分，则会显示相关联疾病名称、实验物种、关联基因和文献等内容。


FerrDb数据库的Utilities下拉栏中包括Regulation network和Gene Symbol Valitation两个部分，其中Regulation network部分可以整合各个途径来生成调控网络，并可以点击特定节点查看子网络，而Gene Symbol Valitation部分提供了一种简便的方法，可以根据官方HGNC符号来验证FerrDb中的基因符号。
最后就是常见的Download和Help界面，帮助用户获取数据和使用FerrDb数据库。
FerrDb数据库就介绍到这里，快快使用起来吧，早挖掘信息，早发paper！
转自生信人
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