过滤BAM比对结果文件

　　分析模块，输入bam格式的比对结果文件，根据比对结果质量值，过滤比对结果。如果，提供bed格式的区间信息文件，不在区间内的比对结果也会被过滤掉。

　　关于SAM/BAM格式的介绍，参考分析模块 "Map with BWA" 的帮助文档，或者参考：（https://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf）。

　　输入：

       1、bam格式的比对结果文件。

       2、bed格式的区间信息文件（可选）。

　　示例：

chr1   2000         4000

chr1   13500       15000

chr2   23000       25000

　　输出：

　　经过过滤后的比对结果（bam格式文件）。

　　分析模块引用了SAMtools v0.1.19软件中的view命令进行比对结果的过滤（http://samtools.sourceforge.net/）。

　　相关文献如下所示：

Li H.*, Handsaker B.*, Wysoker A., Fennell T., Ruan J., Homer N., Marth G., Abecasis G., Durbin R. and 1000 Genome Project Data Processing Subgroup (2009) The Sequence alignment/map (SAM) format and SAMtools. Bioinformatics, 25, 2078-9. [PMID: 19505943]

Li H A statistical framework for SNP calling, mutation discovery, association mapping and population genetical parameter estimation from sequencing data. Bioinformatics. 2011 Nov 1;27(21):2987-93. Epub 2011 Sep 8. [PMID: 21903627]