批处理：GO富集分析

　　分析模块，使用软件goatools（https://github.com/tanghaibao/goatools）进行富集分析，使用方法为Fisher精确检验。为控制计算的假阳性率，使用4种多重检验方法(Bonferroni, Holm, Sidak 和false discovery rate) 对p值进行了校正，通常情况下，当经过校正后的p值≤0.05时，认为此GO功能存在显著富集情况。

　　模块为分析模块“GO Enrichment Analysis”的批处理版本，对输入HTML文件中包含的链接文件进行批处理，输出相应处理后的HTML结果文件（链接批处理后的文件）。

      ！！对于主要物种，软件团队从Ensemble网站上，下载并整理了对应物种的GO注释信息。访问，VG软件官方网站：（http://www.vgenomics.cn/），进行下载。

　　输入：

       1、差异基因列表HTML文件（链接所有样品或分组之间的差异基因列表），由分析模块“Batch Mode: Retrieve Diff Genes list”生成。

　　示例：

       2、全部基因列表文件，可由分析模块“Fetch all genes(row names) list from matrix”通过原始的FPKM矩阵或Count矩阵获得。

　   示例：

BM590_A0001

BM590_A0002

BM590_A0003

BM590_A0004

BM590_A0005

BM590_A0006

BM590_A0007

BM590_A0008

BM590_A0009

……

3、对应的GO注释信息文件，其中，第一列为基因名，第二列为对应的GO注释结果（以“ ; ”符号分隔）。

　　示例：

BM590_A0001         GO:0003688;GO:0005524;GO:0006275;GO:0006270;GO:0005737

BM590_A0002         GO:0003677;GO:0006260;GO:0055114;GO:0005737;GO:0003887

BM590_A0003         GO:0003697;GO:0006281;GO:0005524;GO:0006260;GO:0009432;GO:0005737

BM590_A0004         GO:0008152;GO:0003824

BM590_A0005         GO:0051287;GO:0055114

……

　　输出：

　　差异基因GO富集分析结果HTML文件（链接所有GO富集分析的结果）。

　　示例：

关于HTML链接的文件内容和格式。

*List文件参考分析模块“Batch Mode: Retrieve Diff Genes list”的帮助文档。

*.GO_enrich文件参考分析模块“GO Enrichment Analysis”的帮助文档。

分析模块引用了goatools（v0.5.7）软件（https://github.com/tanghaibao/goatools/）。

　　相关文献如下所示：

Haibao Tang et al. (2015). GOATOOLS: Tools for Gene Ontology. Zenodo. 10.5281/zenodo.31628.

GO(Gene Ontology) 是基因本体论联合会建立的数据库，适用于各物种，对基因和蛋白功能进行限定和描述。利用 GO 数据库，可以将基因按照它们参与的生物学过程、构成细胞的组分，实现的分子功能等进行分类。因此GO注释更加便于我们理解基因背后所代表的生物学意义。

！！更新GO结构关系和描述信息数据库，通过Gene Ontology官网链接（http://geneontology.org/ontology/go-basic.obo），下载最新的go-basic.obo文件，覆盖软件根目录database文件夹下的同名文件。