GO注释结果按GO等级统计

　　分析模块，输入GO注释信息文件，统计注释到给定level GO上的基因数，输出统计结果。

      ！！对于主要物种，软件团队从Ensemble网站上，下载并整理了对应物种的GO注释信息。访问，VG软件官方网站：（http://www.vgenomics.cn/），进行下载。

　　输入：

       GO注释信息文件，其中，第一列为基因名，第二列为对应的GO注释结果（以“ ; ”符号分隔）。

　　示例：

BM590_A0001         GO:0003688;GO:0005524;GO:0006275;GO:0006270;GO:0005737

BM590_A0002         GO:0003677;GO:0006260;GO:0055114;GO:0005737;GO:0003887

BM590_A0003         GO:0003697;GO:0006281;GO:0005524;GO:0006260;GO:0009432;GO:0005737

BM590_A0004         GO:0008152;GO:0003824

BM590_A0005         GO:0051287;GO:0055114

……

　　输出：

　　注释到给定level GO上的基因数统计结果。

　　示例：

##total input seqs number with gos: 2321

namespace        description        number     percent     id      level(shortest distance from root node)

molecular_function   binding     1102         0.474795 GO:0005488    level-01

biological_process     regulation of biological process          275   0.118483 GO:0050789    level-01

biological_process     locomotion       15     0.006463 GO:0040011    level-01

biological_process     localization       417   0.179664 GO:0051179    level-01

molecular_function   transporter activity   236   0.101680 GO:0005215    level-01

biological_process     reproductive process          2       0.000862 GO:0022414    level-01

……

注：

每一列，从左到右，依次为：GO从属的功能三大类（分子功能、细胞组成、生物过程）；GO功能描述；注释到对应GO上的基因数目；注释到对应GO上的基因数目与拥有GO注释基因总数的比值；GO编号；GO等级（与根节点最短路径的距离）。

这里，cellular_component，biological_process，molecular_function三大分支的GO等级为：level-00。

分析模块引用了goatools（v0.5.7）软件（https://github.com/tanghaibao/goatools/）。

　　相关文献如下所示：

Haibao Tang et al. (2015). GOATOOLS: Tools for Gene Ontology. Zenodo. 10.5281/zenodo.31628.

GO(Gene Ontology) 是基因本体论联合会建立的数据库，适用于各物种，对基因和蛋白功能进行限定和描述。利用 GO 数据库，可以将基因按照它们参与的生物学过程、构成细胞的组分，实现的分子功能等进行分类。因此GO注释更加便于我们理解基因背后所代表的生物学意义。

！！更新GO结构关系和描述信息数据库，通过Gene Ontology官网链接（http://geneontology.org/ontology/go-basic.obo），下载最新的go-basic.obo文件，覆盖软件根目录database文件夹下的同名文件。