全基因组关联分析(Genome-wide association studies)又称连锁不平衡作图(Linkage disequilibrium mapping)或关联作图(Association mapping),以连锁不平衡为基础,通过分子标记和性状表型进行相关性分析来鉴定与目标性状紧密关联的标记或候选基因。利用RAD或GBS技术对某物种群体进行测序和全基因组关联分析,与全基因组重测序相比,只获得均匀分布于基因组的酶切位点附近的序列信息,降低了基因组的复杂程度和成本,尤其适合物种基因组大、样本量大的研究项目。此外,基于RAD或GBS技术的GWAS不受参考基因组的限制,可开发无参考基因组物种性状相关的分子标记,为后期的育种工作奠定基础。
适用范围
动植物自然群体;
样本具有代表性和多态性(如核心种质);
样本间不能有明显的亚群分化(如存在生殖隔离等);
所研究表型性状遗传力较强;
建议样本数≥300个。
技术优势
快速精准高效的解析基因组之间的差异,获得广泛的分子标记;
快速高效:仅仅66个工作日即可完成全部分析内容,快速解析群体遗传学的相关信息;
方便快捷:无需构建遗传群体,即可进行高精度的性状定位;
精准分析:10年以上项目经验的专业分析人员深入解析,精确解决科研过程中的各个问题。
技术流程
简化基因组建库及测序流程
简化基因组GWAS分析流程
分析内容 | 解决问题 | 核心软件 |
SNP检测 | 准确定位变异位点 | Stacks/pyRAD |
系统发育树 | 构建系统进化树 | Mega/Phylip/RaxML/PhyML |
群体结构分析 | 了解材料之间的群体结构 | Structure/smart PCA |
全基因组关联分析GWAS | 性状与基因组分子标记之间的定位 | GAPIT/TASSEL/EMMAX |
基因功能注释与富集分析 | 统计变异基因分布规律寻找变异丰富的功能分类 | Gene Annotation (In house) |
测序技术 | RAD | GBS |
建库 | 单酶切+随机打断+片段筛选 | 双酶切+片段筛选 |
测序策略 | Illumina PE150 | Illumina PE150 |
测序深度 | 推荐1-2× | 每个Tag≥10× |
项目周期 | 66个工作日 | 66个工作日 |