GeneBodyProfile(对比不同的样品在某一区域的信号特征,不仅限于ChIP-seq、DNase-seq、ATAC-seq数据)
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GeneBodyProfile

表观遗传修饰和对基因表达、细胞发育等过程有着深远的影响,但相关的研究还未完善。通过对比不同的样品在某一区域的信号特征,了解不同情况下该基因的表观遗传情况,帮助更好的了解其发生发展过程。一般应用场景:观察相关基因转录起始位点(TSS)、转录终止位点(TTS)、genebody以及两侧信号特征;观察某一功能区域(CpGi、TSS、TTS、peak summits或enhancer区)及其两侧信号特征。

数据要求:

ChIP-seq、DNase-seq或ATAC-seq数据。

下游分析:

基于展示的基因或功能情况

1.补充展示部分的已有相关研究

2.解释展示部分对研究课题的意义

图形示例:

1.基因情况图

图注:横坐标为基因转录起始位点相对距离,纵坐标为标准化后的信号强度。蓝线代表Cxxc结合情况,红线为对照组。

应用示例:

文献一:CXXC finger protein 1 is critical for T-cell intrathymic developmentthrough regulating H3K4 trimethylation

CXXC指蛋白1通过调节H3K4三甲基化影响T细胞胸腺内发育(影响因子11.878

文献中为了观察DP胸腺细胞中Cxxc1结合和H3K4me3修饰情况,绘制了cxxc1结合峰在转录起始位点、CpG岛上的分布情况。

文献二:Distinct p53 genomic binding patterns in normal and cancer-derivedhuman cells

p53基因在正常和癌症来源人类细胞的不同结合模式(影响因子3.259

文献中对p53结合位点在IMR90细胞中的基因组分布情况,绘制了结合情况分布峰图。

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