Get candidate region variants
分析模块,输入染色体区间信息文件(由分析模块“Get candidate region from SNP-Index statistics result”生成),和VCF变异信息文件,过滤得到只包含区间内变异信息的VCF文件。
输入:
染色体区间信息文件,由分析模块“Get candidate region from SNP-Index statistics result”生成。
示例:
CHROM START END
Chr01 3040000 4139999
Chr01 6410000 7709999
Chr01 10840000 13969999
Chr01 15170000 16169999
Chr01 18040000 19769999
Chr01 21140000 24089999
Chr01 24350000 27299999
Chr02 7520000 9949999
Chr02 22510000 23929999
Chr02 30050000 31069999
VCF格式的变异信息文件。
示例:
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT Bulk1 Bulk2
Chr01 248 . C T 79.44 . . GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:53:53,0,76 1/1:0,2:2:6:55,6,0
Chr01 333 . C T 200.60 . . GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,11:13:21:118,0,21 1/1:0,7:7:12:112,12,0
Chr01 364 . T C 161.86 . . GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:13:99:112,0,104 1/1:0,5:5:9:79,9,0
输出:
只包含区间内变异信息的VCF文件。