力推一个又全又好用的药物相关的数据库

L1000FWD(药物相关的数据库)

http://amp.pharm.mssm.edu/L1000FWD/

作用:找到药物作用的机制哪些基因发生差异表达等等,功能相当强大,并且数据非常全!


网站加载数据需要一点时间,因为一开始就要加载下面这样一张复杂的全局图。


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这张图在说些什么呢?我们一点点来看。
点的形状代表药物处理时间颜色代表作用机制(具体是哪个通路的抑制剂),鼠标放在点上就会显示具体的实验信息:用的什么药,多长时间,剂量如何,什么细胞系。


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初步介绍了怎么看这个图之后,来看下用的时候要怎么选。
在图的右边,我们可以选择不同的标识,比如按照p-value和剂量来选择点的形状

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同样的颜色设置也可以有许多不同的选择:

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选择不同的药物,就能在整张图中高亮显示


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点开之后,就能查看药物使用报告,我们可以获取在当前作用条件下哪些基因产生了特异性的表达,并能在线做功能富集分析。


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同样的,我们也能根据特异性表达的基因来寻找相关的药物以及作用机制

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关注某一细胞系?没问题,这里有大量的细胞系可供选择!

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最后再次提醒:对该药物数据库的使用一定要有耐心,数据量比较大,加载起来需要一点时间!
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