LEfSe丰度差异分析

LDA Effect Size (LEfSe) Analysis（LEfSe丰度差异分析）

LEfSe[1]是一种用于发现高维生物标识和揭示基因组特征的软件。包括基因，代谢和分类，用于区别两个或两个以上生物条件（或者是类群）。该算法强调的是统计意义和生物相关性。让研究人员能够识别不同丰度的特征以及相关联的类别。

LEfSe通过生物学统计差异使其具有强大的识别功能。然后，它执行额外的测试，以评估这些差异是否符合预期的生物学行为。具体来说，首先使用non-parametric factorial Kruskal-Wallis (KW) sum-rank test（非参数因子克鲁斯卡尔—沃利斯和秩验检）检测具有显著丰度差异特征，并找到与丰度有显著性差异的类群。最后，LEfSe采用线性判别分析（LDA）来估算每个组分（物种）丰度对差异效果影响的大小。

下图展示了LEfSe算法的工作原理：

输入：

LEfSe分析输入配置文件，可通过分析模块 " LEfSe formatting Generate Input config file for LEFSe Analysis" 得到。

输出：

LEfSe分析输出结果文件（表格文件）:

第一列为feature

第二列为各组分丰度平均值中最大值的对数值(the logarithm value of the highest mean among all the classes)

如果feature在组间具有显著性差异，则，

第三列为平均值最高的组（the class with the highest mean）

第四列为the logarithmic LDA score

第五列为检验的p值

分析模块引用了LEfSE[2]（v1.0）软件 ( https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/lefse)。