LncRNA Database

lncRNA在细胞中定位查询

介绍下如何查询lncRNA在细胞中的定位：

http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/lncLocator/

非编码RNA数据库

下面是网络整理的相关非编码RNA数据库

一、TCGA相关数据库列1列2
数据库名网址备注
TCGA-GDChttps://portal.gdc.cancer.gov/TCGA官网
GEPIAhttp://gepia.cancer-pku.cn/北大Zhang lab-Zefang Tang开发，包含TCGA和GTEx 的9736个肿瘤和8687个正常对照样本的RNA-seq数据。
TANRIChttps://ibl.mdanderson.org/tanric/_design/basic/index.htmlMDAnderson开发的ncRNA的TCGA分析数据库(20种癌症)
cBioPortalhttp://www.cbioportal.org/只针对mRNA。可以分析MUT（Mutation突变），CNA(Copy Number Alterations,拷贝数变化），EXP（mRNA Expression，mRNA表达）和PORT/RPPA（Protein/ phosphoprotein level，蛋白表达或磷酸化变化）
CCLEhttps://portals.broadinstitute.org/ccle癌细胞基因百科全书：1457个细胞系、84434个基因，表达&突变&甲基化等信息
TCPAhttps://tcpaportal.org/tcpa/The Cancer Proteome Atlas，蛋白版TCGA
CRN-Cancer RNA-Seq Nexushttp://syslab4.nchu.edu.tw/index.jspThe CRN database 包括40种肿瘤、89个肿瘤测序数据、325个表型数据、12167个样本，采用的是GENCODE release 21（包括93,139 protein-coding and 26,414 lncRNA transcript sequences）
WebMEVhttp://mev.tm4.org/#/welcome可上传数据或下载TCGA或GEO数据
DriverDBv2http://driverdb.tms.cmu.edu.tw/driverdbv2/index.php肿瘤驱动基因查询
二、外泌体相关数据库列1列2
数据库名网址备注
EVpediahttp://student4.postech.ac.kr/evpedia2_xe/xe/韩国项浦大学，需要注册。包含高通量研究168例，高通量数据263个，分子数据172080个，文献6879篇，主要调查中3336人；汇总了不同囊泡研究（包括外泌体）中发现的蛋白，mRNA，miRNA，脂类，代谢产物；除此之外，其还提供一款分析工具，可用于如检索和浏览囊泡成分、Gene Ontology富集分析、囊泡蛋白和mRNA的网络分析，同时，胞外囊泡研究的相关文献在本数据库中列出。
ExoCartahttp://www.exocarta.org/ExoCarta主要关于外泌体蛋白、RNA、脂质体的手工数据库，收录了包括人、大鼠、小鼠、绵羊、豚鼠、果蝇、马、穴兔、牛、在内的几个物种的286个研究结果；涉及到不同组织器官来源的外泌体中的有9769个蛋白（纳入41860个），3408个mRNA（纳入4946个），2838个miRNA，脂质体1116个，最新更新时间为2016年09月12日。
exoRBasehttp://www.exorbase.org/复旦大学黄胜林教授，人血液中外泌体RNA数据库，包含7个实验的92个RNA-seq样本，58,330个circRNA，15,501个lncRNA,18,333个mRNA。收录的样本包括健康对照者32例，冠状动脉心脏疾病（CHD）6例，结肠癌（CRC）12例，肝细胞癌（HCC）21例，胰腺腺癌（PAAD）14例，乳腺癌2例。
Vesiclepediahttp://www.microvesicles.org/Vesiclepedia，一个胞外囊泡分子数据（脂质、RNA和蛋白质）的手工检索工具库，包含41个物种的1254份研究的349,988个蛋白、27,646个mRNA、10,520个miRNA，639个脂质条目，还可以根据物种、囊泡、分子和样品类型浏览和检索，最新更新时间为2018年8月15日。
EVmiRNAhttp://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA/#!/browseExtracellular Vesicles miRNA Database。华中科大Guo lab，包括462 smRNA sequencing datasets of EVs from 17 tissues/diseases.
exRNA Atlashttp://exrna-atlas.org/ERCC联盟的数据库，有6627个data。The exRNA Atlas is the data repository of the Extracellular RNA Communication Consortium (ERCC). The repository includes small RNA sequencing and qPCR-derived exRNA profiles from human and mouse biofluids.
mirandolahttp://mirandola.iit.cnr.it/目前收录的miRNA较多，但lncRNA和circRNA非常少。miRandola is a comprehensive manually curated classification of different extracellular circulating non-coding RNA types.Now, we have updated the database with 314 papers! We are starting to add more RNA molecules such as lncRNAs and circRNAs.
Genboreehttp://genboree.org/site/exrna_toolset/外泌体测序数据在线分析。The Genboree exRNA Toolset provides a web-based environment to conduct bioinformatics analyses on extracellular RNA profiling data
exRNA Portalhttps://exrna.org/resources/protocols/外泌体各种实验protocol原文献

https://exrna.org/NIH外泌体研究查询

https://commonfund.nih.gov/exrnaNIH胞外RNA研究 资助项目查询、会议资讯等
Portal:ExRNAhttps://www.wikipathways.org/index.php/Portal:ExRNA外泌体RNA相关的pathway。This portal highlights pathway content relevant to the extracellular RNA research community.
Urinary Exosome Protein Databasehttps://hpcwebapps.cit.nih.gov/ESBL/Database/Exosome/不是很新，只有尿液的外泌体蛋白信息。This database of urinary exosome proteins is based on published protein mass spectrometry data from the NHLBI Epithelial Systems Biology Laboratory (ESBL). Current Database Size: 1160 proteins.
Exosome Gene Ontology Annotation Initiativehttps://www.ebi.ac.uk/GOA/EXOSOMEEBI-Uniprot维护，外泌体蛋白功能注释
三、miRNA相关数据库列1列2
数据库名网址备注
miRBasehttp://www.mirbase.org/miRNA最权威数据库
PMRDhttp://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/PMRD是一个关于植物microRNA数据库，包括了microRNA序列和它们的靶基因、二级结构、表达谱、基因组搜索等等，并且该数据库尝试着整合大量的关于植物microRNA的数据。
CoGeMiR
CoGeMiR数据库总结关于在进化过程中microRNA在不同动物中的保守性。该数据库搜集已知的和预测的microRNA关于染色体定位、保守性和表达谱方面的信息。



miRToolsGalleryhttp://mirtoolsgallery.org/miRToolsGallery/A database provides the following services: (a) Search，(b) Filter and (c) Rank the miRNA tools
miRWalkhttp://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk2/index.html功能较全，可下载数据
TargetScanhttp://www.targetscan.org/靶标分析，比较常用
miRandahttp://cbio.mskcc.org/microrna_data/miRanda-aug2010.tar.gz靶标分析，可下载本地运行
StarBasehttp://starbase.sysu.edu.cn/中山大学开发，2018已更新到V3.0，23个物种，数百个数据集，数百万种互作关系对，包括ceRNA等
ChIPBasehttp://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/靶标分析
Tarbasehttp://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=tarbasev8%2Findex/靶标分析
miRecordshttp://mirecords.biolead.org/靶标分析
PicTarhttp://pictar.mdc-berlin.de/靶标分析
RNAhybridhttps://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid靶标分析
PITAhttp://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/靶标分析
RNA22http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html/靶标分析
microRNA.orghttp://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/靶标分析
Microcosmhttp://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/靶标分析
miRTarBasehttp://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html/靶标分析



MirGator v2.0http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/靶标分析
miRNAMaphttp://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/靶标分析
miRDBhttp://mirdb.org/miRDB/靶标分析
miRNAMaphttp://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/靶标分析
miRGenhttp://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html/靶标分析
StarScanhttp://mirlab.sysu.edu.cn/starscan/基于降解组测序数据（植物）
piRNApredictorhttp://59.79.168.90/piRNA/index.php预测piRNA序列信息
piRNABankhttp://pirnabank.ibab.ac.in/收录最全面piRNA序列信息
PolymiRTShttp://compbio.uthsc.edu/miRSNP/自然产生的miRNA的靶标位点DNA变异的数据库.
ViTahttp://vita.mbc.nctu.edu.tw/ViTa数据库搜集来自miRBase、ICTV、VirGne、VBRC等数据库的病毒数据，包括了已知的病毒的miRNA以及相应的由miRanda和TargetScan预测的宿主miRNA靶基因。ViTa还提供有效的注释，包括人类miRNA的表达情况，病毒感染的组织等。
   
Vir-Mirhttp://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.Vir-Mir数据库提供预测的病毒miRNA的候选发夹结构序列。
Noncoding RNA databasehttp://biobases.ibch.poznan.pl/ncRNA/来自于细菌、古生菌和真核生物等99个物种的30 000个不同的非编码RNA。
四、lncRNA相关数据库列1列2
一、序列查找

LNCipediahttps://lncipedia.org/一个已注释的人类lncRNA转录本序列和结构数据库。
NONCODEhttp://www.noncode.org/最常用
LncRBase V2.0http://bicresources.jcbose.ac.in/zhumur/lncrbase/index_download.html
lncrnadbhttp://www.lncrnadb.org/
LNCipedia Expert Databasehttps://rnacentral.org/expert-database/lncipedia数据来源于lncipedia，可进行API分析
NREDhttp://jsm-research.imb.uq.edu.au/NRED人类和小鼠中数以千计的长非编码RNAs的基因表达信息
ncFANshttp://www.ebiomed.org/ncFANs/在线预测与注释人、小鼠等物种中长非编码RNA的在线服务器，它利用对芯片数据进行重注释，并预测ncRNA的功能。
Annolnchttp://annolnc.cbi.pku.edu.cn/index.jsp人的lncRNA功能分析
NCBI-genehttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/genemRNA和lncRNA都可以查
Ensemblhttp://asia.ensembl.org/index.htmlmRNA和lncRNA都可以查
PNRDhttp://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD/中国农大苏震lab，植物ncRNA数据库：including 25,739 non-coding RNA records, including miRNAs，lncRNAs, tRNA, rRNA, tasiRNA, snRNA and snoRNA, etc.
二、靶标分析列1列2
RBPDBhttp://rbpdb.ccbr.utoronto.ca/靶标蛋白，RNA等分析
Tarbasehttp://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=tarbase/index靶标蛋白，RNA等分析
starbase V3.0http://starbase.sysu.edu.cn/靶标蛋白，RNA等分析
CHIPBase v2.0http://rna.sysu.edu.cn/chipbase/10个物种，基于约10200份CHIP-seq数据分析lncRNA、miRNA、其他ncRNA，mRNA互作关系；及约20000份RNA-seq进行共表达分析
RegRna2.0http://regrna2.mbc.nctu.edu.tw/查询可变剪切，及位点，靶标分析，cis-调控原件等
TargetscanHuman7.1http://www.targetscan.org/vert_71/靶标miRNA分析
DIANA-LncBasehttp://carolina.imis.athena-innovation.gr/index.php?r=lncbasev2实验验证的和计算预测的长链非编码RNA上的microRNA靶点
catRAPIDhttp://service.tartaglialab.com/page/catrapid_grouplncRNA-蛋白互作预测
三、疾病相关列1列2
LncRNAdiseasehttp://www.cuilab.cn/lncrnadisease
ncRDeathDB2.0未公开， http://www.rna-society.org/ncrdeathdb/index.php   miRNA有4370个，lncRNA230个，snoRNA有12个
LDAP软件包，需下载http://www.lncrnablog.com/ldap-a-web-server-for-lncrna-disease-association-prediction/ 疾病相关
DES-ncRNAhttp://www.cbrc.kaust.edu.sa/des_ncrna/home/index.php疾病与潜在药物靶点（lncRNA和miRNA）
lncRNABloghttp://www.lncrnablog.com/ldap-a-web-server-for-lncrna-disease-association-prediction/疾病相关
Linc SNP2.0http://210.46.80.146/lincsnp/search.php疾病相关，SNP分析
四、亚细胞定位及编码能力分析列1列2
lncLocatorhttp://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/lncLocator/亚细胞定位分析
RNAlocatehttp://www.rna-society.org/rnalocate/亚细胞定位分析
CPChttp://cpc.cbi.pku.edu.cn/编码能力分析
CPAThttp://lilab.research.bcm.edu/cpat/index.php编码能力分析
miRFold web serverhttp://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi预测RNA 二级结构
五、circRNA相关数据库列1列2
一、序列查找

circBasehttp://www.circbase.org/德国柏林，矛尾鱼，人（9.6万条），小鼠，线虫，果蝇
circBankhttp://www.circbank.cn/≥140,000人的circRNA，靶标miRNA分析，编码能力分析，保守性及RNA修饰
circRNADBhttp://202.195.183.4:8000/circrnadb/circRNADb.php包含32,914个外显子circRNA，人，互作分析
CIRCpedia V2http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/杨力和陈玲玲研究组开发，是针对circRNA可变剪切和反向剪切的数据库
circRNA_finderhttps://omictools.com/circrna-finder-tool#tool-reviews基于STAR进行RNA-seq数据中circRNA反向剪切位点（＜100bp）查询
二、靶标分析列1列2
CircNethttp://circnet.mbc.nctu.edu.tw/台湾国立交通大学的研究人员对464个样本的RNA-seq数据系统地整理挖掘后建立的数据库，它提供了新circRNAs的鉴定；整合circRNA-miRNA-mRNA的互作网络；circRNA亚型的表达水平；circRNA亚型的基因组注释；circRNA亚型的序列
RegRna2.0http://regrna2.mbc.nctu.edu.tw/查询可变剪切，及位点，靶标分析，cis-调控原件等
deepBase 2.0http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/该数据平台收集了约18000个small RNAs、36万个lncRNAs和大约10万多的circRNA基因（人、鼠、果蝇、线虫等19个物种），并构建了全面的ncRNA的表达网络，ceRNA预测
TargetscanHuman7.1http://www.targetscan.org/vert_71/靶标miRNA分析
circinteractomehttps://circinteractome.nia.nih.gov/需通过circBase的ID号进行预测靶标蛋白和miRNA，circRNA引物设计
starbasehttp://starbase.sysu.edu.cn/靶标miRNA，蛋白分析，基于CLIP-seq数据，ceRNA预测，RBP疾病分析，癌症分析等
三、编码能力分析、亚细胞定位、组织特异性等列1列2
CircProhttp://bis.zju.edu.cn/CircPro/基于RNA-seq或者Ribo-seq数据
TSCDhttp://gb.whu.edu.cn/TSCD/circRN组织特异性表达分析数据库，人和小鼠
四、疾病关联性列1列2
circRNA diseasehttp://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/共收集了354项研究中共汇总了330种circRNA和48类疾病，收集日期截止于2017年11月份
CSCDhttp://gb.whu.edu.cn/CSCD武汉大学，肿瘤特异性circRNA数据库，预测RBP，ORF，亚细胞定位，可变剪切等
Circ2Traits未开放使用，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24339831 与疾病和性状潜在相关的环状RNA综合数据库
五、植物相关数据库列1列2
plantcircbasehttp://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/序列，宿主基因，结构等
PcircRNA_finder暂未开放使用，https://www.rna-seqblog.com/pcircrna_finder-circrna-prediction-in-plants/ 植物circRNA预测
六、lncRNA-circRNA共有一个转录本分析列1列2
circlncRNAnethttp://app.cgu.edu.tw/circlnc/
lncRNomehttps://omictools.com/lncrnome-tool
CircNethttp://circnet.mbc.nctu.edu.tw/台湾国立交通大学的研究人员对464个样本的RNA-seq数据系统地整理挖掘后建立的数据库，它提供了新circRNAs的鉴定；整合circRNA-miRNA-mRNA的互作网络；circRNA亚型的表达水平；circRNA亚型的基因组注释；circRNA亚型的序列
circRNADbhttp://202.195.183.4:8000/circrnadb/circRNADb.php
六、ceRNA数据库列1列2
starbase V3.0http://starbase.sysu.edu.cn/中山大学，已更新到3.0版，数据非常丰富
circlncRNAnethttp://app.cgu.edu.tw/circlnc/台湾长庚医院，需要上传数据进行分析
circnethttp://circnet.mbc.nctu.edu.tw/
miRSpongehttp://www.bio-bigdata.net/miRSponge/The experimentally validated miRSponge database (miRSponge) recorded 599 sponge-miRNA interactions and 463 ceRNA associations in 11 species
linc2GOhttp://www.lncrnablog.com/linc2go-a-human-lincrna-function-annotation-resource-based-on-cerna-hypothesis/需下载软件
GDCRNAToolshttp://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/GDCRNATools/inst/doc/GDCRNATools.html#case需下载，需R语言操作
POSTAR2http://lulab.life.tsinghua.edu.cn/postar/index.php蛋白-RNA互作研究
cefinder/ceRDBhttps://www.oncomir.umn.edu/cefinder/
mircordshttp://mirecords.biolead.org/
七、其他数据库列1列2
NCBI-genehttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene最全面最权威
genecardshttps://www.genecards.org/非常全面的基因百科数据库，跟NCBI并列双子星
biogpsbiogps.org可以查到基因在哪些数据集、是否在外泌体数据库收录等等，非常多的功能。
UCSChttp://genome.ucsc.edu/包含多个重要物种基因组草图，与ENCODE同步更新
DAVIDhttp://david.abcc.ncifcrf.gov/tools.jsp功能富集分析
stringhttp://string-db.org/蛋白互作查询+功能富集分析
malacardshttps://www.malacards.org/疾病相关基因查询
GEOhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds芯片数据库
SRAhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/测序数据库
ArrayExpresshttps://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/欧洲版GEO
BioVennhttp://www.biovenn.nl/index.php在线维恩分析
Vennhttp://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/在线维恩分析
Venny2.1http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/在线维恩分析
STEMhttp://www.cs.cmu.edu/~jernst/stem/时间序列趋势分析
GSEAhttp://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp功能富集分析
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