MeDIP-Seq

       MeDIP Seq（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing），即采用甲基化DNA免疫共沉淀技术，通过5'-甲基胞嘧啶抗体特异性富集基因组上发生甲基化的DNA片段，然后通过高通量测序可以以较小的数据量，快速高效地寻找基因组上的甲基化区域，从而比较不同细胞、组织、甚至疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异。

技术特点

·   精确度高

定位检测甲基化富集区域

·   偏好性

抗体富集偏向高甲基化CpG区域

·   检测范围广

全基因组范围内甲基化区域研究

·   高性价比

通过抗体富集高甲基化区域进行测序，提高数据利用率，有效降低测序费用

重要提示

        基于抗体富集原理的测序研究方法，需要设置Input对照组,即以随机打断后不经抗体富集的基因组片段构建测序文库，在此文库基础上所获取的测序数据，用来扣除背景信号，以寻找基因组上真实的甲基化区段，排除假阳性的干扰。

服务内容

1. 测序方案设计：根据客户项目设计需求及样本情况设计个性化的测序方案；

2. 样本质检：对客户提供样本进行DNA抽提，并利用NanoDrop进行质检；

3. MeDIP实验：对合格DNA样本进行甲基化DNA抗体免疫共沉淀反应，富集甲基化片段；

4. 文库构建：采用50SE策略，构建MeDIP-Seq测序文库；

5. 测序：Illumina HiSeqTM 2000或2500上机测序；

6. 数据分析：提供标准的数据分析内容，根据客户研究需求提供特色的高级数据分析；

7. 承诺指标：达到合同制定数据量，时间30~40工作日。

分析内容

A、标准数据分析

·   数据产出统计：对测序结果进行图像识别、去污染、去接头，统计结果包括reads长度、reads数据、数据产量以及测序饱和度

·   MeDIP测序序列与参考基因组序列的比对

·   MeDIP测序数据的全基因组分布趋势

·   统计MeDIP测序数据富集区域 ( Peak ) 的信息

·   基于peak的全基因组甲基化差异分析及GO和KEGG注释分析

B、高级数据分析

·   差异甲基化区域在基因元件上的分布分析

·   转录起始位点（TSS）、转录终止位点（TTS）上下游3kb区域的甲基化程度分析

·   基因区（genebody）甲基化程度分析

·   特定基因元件甲基化模式发现与聚类分析

·   MeDIP-seq数据与其他组学数据联合分析

数据展示

样本要求

·   样品类型

细胞、新鲜组织或DNA样品

·   样品量

细胞样品请提供至少2×107个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，DNA样品请提供5 μg以上的DNA

·   样品质量

基因组DNA无明显降解，主带清晰，大于23Kb，无明显弥散。OD260/280值在1.8～2.0之间，浓度 ≥ 500 ng/μl

·   样品保存

细胞样品或新鲜组织块（切成～50mg的小块）可液氮冻存后，-80℃保存。DNA样品可溶于乙醇或超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融.

·   样品运输

样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输