Plot LEfSe Results(LEfSe LDA作图)
分析模块根据LEfSe分析结果,对找到的生物标记物(feature)进行作图,作图时,根据effect size进行排序,同时用颜色标识均值最高的分组。
输入:
LEfSe分析结果文件,由分析模块 "LDA Effect Size (LEfSe) Analysis" 生成。
示例:
Bacteria.Proteobacteria.Deltaproteobacteria.Other.Other 0.0 -
Bacteria.Proteobacteria.Gammaproteobacteria.Alteromonadales.Alteromonadaceae.Microbulbifer 0.0 -
Bacteria.Firmicutes.Bacilli.Lactobacillales.Streptococcaceae 0.0 0.0209213353378
Bacteria.Proteobacteria.Alphaproteobacteria.Rhodospirillales.Acetobacteraceae.Asaia 0.0 -
输出:
Plot LEfSe Result,图为统计两个组别当中有显著作用的微生物类群通过LDA分析(线性回归分析)后获得的LDA分值。
分析模块引用了LEfSE[2](v1.0)软件 ( https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/lefse)。
相关文献如下所示:
[1] Chenhong Zhang, Shoufeng Li, Liu Yang, et al. Structural modulation of gut microbiota in life-long calorie-restricted mice. NATURE COMMUNICATIONS,4:2163,DOI:10.1038/ncomms3163(2013).
[2] Segata N, Izard J, Waldron L, Gevers D, Miropolsky L et al. (2011) Metagenomic biomarker discovery and explanation. Genome Biol 12: R60.10.1186/gb-2011-12-6-r60 PubMed: 21702898.