Rank-Abundance曲线

      Rank-abundance [1]曲线是分析多样性的一种方式。构建方法是统计单一样本中，每一个OTU所含的序列数，将OTUs按丰度（所含有的序列条数）由大到小等级排序，再以OTU等级为横坐标，以每个OTU中所含的序列数（也可用OTU中序列数的相对百分含量）为纵坐标做图。

Rank-abundance曲线可用来解释多样性的两个方面，即物种丰度和物种均匀度。在水平方向，物种的丰度由曲线的宽度来反映，物种的丰度越高，曲线在横轴上的范围越大；曲线的形状（平滑程度）反映了样本中物种的均度，曲线越平缓，物种分布越均匀。

　　输入：

       OTU Table文件：

OTU ID    Bio1 Bio2 Bio3 Bio4 Bio5 Bio6 Bio7 Bio8 Bio9 Bio10

OTU1        0       0       0       0       0       6       34     104   367   254

OTU2        52     335   18     49     0       0       0       0       0       0

OTU3        0       0       0       0       5       0       0       0       0       0

其他参数默认。

　　输出：

　　各样本OTU Rank-Abundance曲线图：

注：横坐标：OTU等级，“300”代表样本中按照丰度排列第300位的OTU；纵坐标：该等级OTU中序列数的相对百分含量，即属于该OTU的序列数除以总序列数，纵坐标轴上数字，例如“100”代表相对丰度为100%，“10”代表相对丰度为10%，依次类推。

分析模块利用R语言（v2.12.1）进行数据运算和制作曲线图。

　　相关文献如下所示：

[1] Scott T Bates, Jose C Clemente, et al. Global biogeography of highly diverse protistan communities in soil. The ISME Journal (2013) 7, 652–659; doi:10.1038/ismej.2012.147.