SLAM-seq:实时动态转录组测序

SLAM-seq,即thiol(sh)-linked alkylation for the metabolic sequencing of RNA,可以理解为“S4U烷基化RNA代谢测序技术”,可观察转录的实时情况和特征。通过研发成熟的代谢RNA标记方法和高通量测序技术,SLAM-seq能检测整合到总RNA中的核苷类似物4-硫尿苷(S4U),绘制RNA聚合酶II依赖性的基因表达动态,是一种操作性强、稳定、可靠的基因表达调控机制研究方法。

技术应用

1. 检测新生RNA转录水平的变化

2. 研究RNA半衰期与稳定性变化

3. 系统鉴定RNA修饰所介导的靶基因变化

4. 深入研究基于转录调控机制

送样要求

样本类型:1. SLAM细胞量,大于等于2.5x 105;2. 组织样本,质量≥ 100mg
样本物种:仅限人、大小鼠,其他物种需评估

分析内容

1. 序列比对
2. 文库质控
3. Mapped Reads过滤
4. 背景T>C SNP校正
5. mRNA或longRNA*差异表达分析
6. 靶基因GO富集分析
7. 靶基因KEGG富集分析
8. mRNA或longRNA转录本水平T>C counts计数与表达量化
9. mRNA或longRNA转录本水平Total reads计数与表达量化
10. mRNA或longRNA稳定性分析(时间序列样本)
11. mRNA或longRNA半衰期计算(时间序列样本)

* longRNA包括mRNA、lncRNA和circRNA,客户可选择mRNA分析或longRNA全套分析。

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