提肿瘤研究脑袋空空？一张图教你吃透肿瘤研究思路！

相信大伙没那么多时间听废话，所以咱们直接进入正题。下图是科研工作者研究肿瘤发病机制的一个普遍思路，在这里我们就每一个步骤做详细解释：需要做哪些步骤？哪一步该做什么？怎么做？找谁做？研究成果出来了，怎么转化到临床和科研？每一处都给你摆的明明白白。

第一步，候选靶点筛选

做科研，核心是找到靶点，才能最终确认你的研究方向。那靶点到底是啥？靶点可以是基因、是一种新型突变、也可以是RNA、蛋白或者一个小分子。那么如何用最快、最有效率的方式找到它？一点点看文献？一点点做细胞实验？

当然不是！！！！！

随着组学技术的飞速发展，我们有了越来越多的技术手段找到可能与表型变化存在联系的靶点。那么到底具体有哪些技术方法可以协助我们找到这些靶点，确定在肿瘤发生发展中具有研究潜能的候选基因呢？

常规套路，先分析已有文献信息，再结合公共数据库进行筛选，不用辛苦找样本、不用花钱做测序，“用别人的数据，做自己的成果”，目前云生物已经利用数据库深度挖掘这一技术协助多个老师完成了成果产出。不过以云生物多年经验看，这种省钱省力的方法发个5分以下的文章问题不大，但是这种已知候选想搞大动作还是很有难度滴。

所以如果经费充裕、样本量足够的情况下，云生物建议最直接的还是利用高通量测序技术进行筛选。通过测序筛选出来的靶点是未知靶点，创新性好且全面，云生物就通过这个技术协助搞了几篇大Paper。

通过以上两种方法筛选到的基因数量是成百上千的，到底如何挑选目的基因进行后续的研究呢？接下来我们需要做的就是：

第二步，进行候选基因的特征信息分析

目前，以咱们云生物为例，做候选基因特征分析主要包括以下几个步骤：

第三步，基因表型验证

这一步，需确定基因对肿瘤功能的影响，如细胞增殖、凋亡、迁移侵袭、耐药，还有难度高一点的血管形成、能量代谢等。通过对基因过表达或干扰，检测细胞表型的变化，来确定靶基因对肿瘤细胞表型产生的作用。细胞株构建及常见细胞生物学实验咱们云生物都可以提供的哈。

第四步，分子机制研究

1、转录因子

如果候选基因是转录因子，可以研究一下转录因子调控哪些基因的表达。要预测转录因子调控的靶基因，需要两个步骤：

A．首先需要知道转录因子的结合序列特征。

B．基于转录因子的结合序列特征去目的基因上游的Promoter区搜索，如果能搜索到结合特征的序列，那么该转录因子就有可能调控该靶基因。预测转录因子靶基因的数据库有JASPAR、Harmonizonme。

2、miRNA

如果候选基因是miRNA，可以通过以下几个数据库预测靶基因，TargetScan（该数据库支持通过miRNA预测靶基因，也支持通过mRNA预测相关的miRNA）、PITA（该数据库允许对靶关系的预测和下载）、miRBase（使用者可利用miRNA的Name、ID、染色体位置和序列进行搜索、查询相关信息）、microRA.org和miRTarBase（该数据库可以通过不同方面进行查询，例如miRNA、gene、disease、pathway等）、 starBase V2.0（本数据库更倾向于利用mRNA搜索相关miRNA信息）。

3、microRNA

如果候选基因是microRNA，可以通过以下数据库预测靶基因，microrna（miRanda）数据库、miRDB数据库和Targetscan数据库。

4、LncRNA

LncRNAs作用范围广泛，机制非常复杂，我们可以根据LncRNA不同的作用模式——顺式（cis）和反式（trans），比如Signal，Decoy，Duide，Scaffold分析，也可以根据LncRNA与不同的分子分为DNA、RNA和蛋白的相互作用，从转录和转录后水平分析。

第五步，动物模型验证

目前肿瘤研究中最常用的是裸鼠模型，即建立皮下移植瘤模型，再将基因导入动物体内，观察对体内肿瘤生长的影响，并进一步分析基因相关的分子机制或信号通路，为肿瘤基因治疗提供潜在的靶点。动物实验中的免疫组化，qPCR、Western这些咱们云生物都可以给您安排的明明白白的哈。

这样一套下来，肿瘤研究的整个流程、细节都摆弄清楚了，谈到肿瘤研究不再脑袋空空了吧~~如果还有不清楚的地方，欢迎联系云生物，咱们云生物不仅可以协助您，还可以培训您，更可以成为您长久的智囊团队！