Data+Base 就可以发paper了

随着基因组、转录组、蛋白质组等多组学技术的蓬勃发展，许多实验室和团队积累了大量的数据资源和实验结果。回顾2018-2019这两年，我们可以发现，国内已经有不少老师发表了相应的数据库文章。这些工作填补了相关研究领域的空白，奠定数据研究基础。通过数据库平台的搭建，用户可以方便浏览、下载相关信息，具有广泛的使用价值和科研价值。

看到这里，各位老师回顾实验室多年以来积累的数据，是否跃跃一试了呢？不过，数据库构建需要跟具体的科研领域、科学背景相结合，还涉及到数据加工处理、平台架构设计、网页设计、编程开发等多方面具体的技术内容。

为了更好的开展项目，还是有许多要点需要注意：

首先，也是最重要的一点，需要牢牢抓住先发优势。在科研领域，填补空白具有很强的时效性。当前，每个物种基本上都需要基因组数据库、表达数据库、变异数据库。以下几类课题组小编认为构建数据平台就非常有必要：

  • 完成过大基因组测序
  • 完成过大规模转录组测序
  • 完成过大规模群体重测序
  • 完成过大样本病例肠道微生物测序。

其次，构建数据库好处多多。第一，可以对数据进行系统性梳理，有助于您保存、管理、理解数据。第二，利用数据库提供的扩展功能对多组学数据进行轻量级的联合挖掘，提高数据利用率。第三，数据库作为公共平台，促进与其他研究者的交流分享。第四，可作为独立成果发表文章。

另外，数据库网站需要兼顾友好性和易用性。一个网站必须配备界面友好的浏览、查询、筛选和下载功能，用户可以方便地从多个角度浏览并下载相关数据，轻松使用相关分析功能。这样的网站更受欢迎，更有可能获得审稿人的认可。因此，具备优秀网页UI设计能力的团队将会起非常关键的作用。

同样，数据的加工处理、标准化过程，数据库的框架设计以及可视化组件设计也是不容忽视的。针对不同量级、不同类型的数据，是选择MySQL关系型数据库，还是MongoDB非关系型数据库呢？如何进行分表？为了更好的展示比对结果、表达量信息或者变异信息，该如何选择合适的可视化组件？如果要开发搜索引擎，如何更好的展示搜索结果？这些都需要深入的思考设计以及丰富的经验。一个具备多年编程开发经验和多年生物信息学分析经验的团队，对于高水平数据库项目而言，能够起到事半功倍的效果。




VG软件开发团队先后开发完成VG多样性分析软件、VG转录组分析软件、VG生信分析云平台、RJ肿瘤信息管理系统（临床应用）、Y-STR/Y-SNP法医学分析平台（法医应用）、FD个人基因组分析和报告系统、FD祖源分析和报告系统、FD家系分析和报告系统、动植物物种数据库（水稻、蕨类、瓠瓜、旱獭、桉树等）、TMBQ 靶向代谢组批量定量分析平台、蛋白代谢数据分析平台等。同时助力研究课题组在《Nucleic Acids Research》《Scientific Reports》等期刊发表高水平相关数据库研究文章。



相关数据库案例

1.外泌体长链RNA数据库

我们助力复旦大学附属某研究所，搭建完成人类血液外泌体长链RNA数据库exoRBase。该数据库旨在收录健康人群及不同疾病人群血液外泌体样本中各种RNA数据，为外泌体研究及体液诊断提供有力的信息平台和技术工具。

数据库链接: http:///www.exoRBase.org

研究成果发表在Nucleic Acids Research (IF=10.2)上，文章链接:https://doi.org/10.1093/nar/gkx891

2.瓠瓜数据库

我们助力浙江省农科院某所，开发完成瓠瓜多组学数据库GroudBase。该数据库以基因组数据为核心，整合了包括瓠瓜表型、标记、QTL、遗传图谱及品种等信息在内的多方面数据，构建了直观友好内联的数据平台，能够帮助研究人员和育种工作者方便快捷的实现检索，推动研究进程。

数据库连接：http://www.gourdbase.cn

研究成果发表在Scientific Reports (IF=5.228)上，文章链接:http://doi.org/10.1038/s41598-018-22007-3

我们团队具有成熟完善的数据库开发经验，无论在科研领域还是应用领域均具有丰富的项目经验，是您定制构建成熟数据库平台的不二之选。


参考文献：

1. exoRBase：a database of circRNA, LncRNA and mRNA in human blood exosomes. Nucleic Acids Research, 2017.

2. GourdBase: a genome-centered multi-omics database for the bottle gourd (Lagenaria siceraria), an economically important cucurbit crop. Scientific Reports, 2018.

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