1、注册NCBI账号

如果已经有账号，就跳过此步，直接登录。

如果没有，则进入数据提交网址，点击Sign in to NCBI，创建一个NCBI账号，方便跟进每一个基因组项目提交的进展，及后续更新、修改数据等。

2、创建BioProject

样本量少的小基因组，如线粒体、叶绿体、质粒、噬菌体、病毒等，不用创建BioProject。

如果是以下情况，建议创建BioProject号：

1. 真核基因组

2. 同时含有染色体和质粒的细菌基因组

3. 样本量大的基因组项目

4. 其他用于系统进化研究的的大样本项目（不局限于全基因组）

进入提交界面 https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/：

点击BioProject创建新的项目号，按如下一步步操作（带“*”的为必填项）：

1) 填写个人信息

2) 填写项目信息

3) 填写样本信息

4) 项目的发布情况和数据释放时间

5) 测序数据信息

若不提交原始数据，直接Continue

6) 文献发表情况

若没有发表，直接Continu

7) 最后的信息确认，可以返回之前的步骤做相应修改

点击“Submit”提交，等待处理，10分钟左右会收到来自 bioprojecthelp@ncbi.nlm.nih.gov 确认邮件，即可获得BioProject ID号。

3、提交基因组完成图

基因组完成图是提交到NCBI的GenBank数据库，可以通过以下三种方式：

l BankIt

目前比较常用的网页版数据提交工具，网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/?form=history&tool=genbank

数据准备：

提交方式：

网站在线提交

l tbl2asn

命令行版的数据提交工具，功能同Sequin。软件下载网址：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/ncbi_tools/converters/by_program/tbl2asn/

数据准备：

提交方式：

写信至 gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov 提交

l Sequin

本地版的数据提交工具，现在逐渐被tbl2asn取代，NCBI已经不再维护该软件，不过仍然可以正常使用。软件下载网址：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/sequin/

要求的数据及提交方式同tbl2asn。

以下是介绍Bankit 提交基因组完成图 的过程。tbl2asn/Sequin的提交见下回分解。

3.1 Bankit提交过程

3.1.1 准备基因组数据文件

需要准备的文件包括：基因组完成图序列 *.fsa 和基因信息列表 *.tbl。

基因列表文件的说明见 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/table.html#fig3，可以用ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov//toolbox/ncbi_tools/converters/scripts/gbf2tbl.pl 脚本导入基因组gbk文件获得 *.fsa 和 *.tbl。

参考命令：

如果只需要上传基因组序列，由NCBI完成基因预测和注释，则不需要提交 *.tbl（该情况仅适用于细菌基因组）。

3.2.2 BankIt在线提交

进入网站https://www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/?form=history&tool=genbank，按步骤提交：

1) 填写项目联系人信息及文章发表情况

2) 填写测序策略

3) 上传基因组序列*.fsa，给定数据释放的时间

4) 上传基因列表文件 *.tbl

5) 最后检查并确认提交信息

确认无误后，点击Finish Submission按钮，完成提交。

若没有问题，大概2工作日后，就可以收到gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov的回信，获得GenBank号，回信的截图（案例）：

3.2 tbl2asn/Sequin提交过程

3.2.1 创建template文件

选择网址https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/template/submission/，进入如下界面（带“*”的为必填项）：

在页面上填写项目联系人信息及项目发表情况，若事先创建了BioProject号，填写进去即可。检查无误后，确认提交，生成文件 template.sbt。

Bankit提交后，我们会更新基因组框架图或完成图的提交……由于基因组数据提交的流程较长，我们今天就先分享到这里。

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最新NCBI数据上传流程（二）