基因组变异对于ceRNA调控影响数据库:LnCeVar

LnCeVar: a comprehensive database of genomic variations that disturb ceRNA network regulation11.501Nucleic Acids Res . 2020 Jan 8;48(D1):D111-D117. doi: 10.1093/nar/gkz887.

Abstract

LnCeVar (http://www.bio-bigdata.net/LnCeVar/) is a comprehensive database that aims to provide genomic variations that disturb lncRNA-associated competing endogenous RNA (ceRNA) network regulation curated from the published literature and high-throughput data sets. LnCeVar curated 119 501 variation-ceRNA events from thousands of samples and cell lines, including: (i) more than 2000 experimentally supported circulating, drug-resistant and prognosis-related lncRNA biomarkers; (ii) 11 418 somatic mutation-ceRNA events from TCGA and COSMIC; (iii) 112 674 CNV-ceRNA events from TCGA; (iv) 67 066 SNP-ceRNA events from the 1000 Genomes Project. LnCeVar provides a user-friendly searching and browsing interface. In addition, as an important supplement of the database, several flexible tools have been developed to aid retrieval and analysis of the data. The LnCeVar-BLAST interface is a convenient way for users to search ceRNAs by interesting sequences. LnCeVar-Function is a tool for performing functional enrichment analysis. LnCeVar-Hallmark identifies dysregulated cancer hallmarks of variation-ceRNA events. LnCeVar-Survival performs COX regression analyses and produces survival curves for variation-ceRNA events. LnCeVar-Network identifies and creates a visualization of dysregulated variation-ceRNA networks. Collectively, LnCeVar will serve as an important resource for investigating the functions and mechanisms of personalized genomic variations that disturb ceRNA network regulation in human diseases.

ceRNA作为一个成熟的基因间调控假说，一直受到广泛关注。小编今天就给大家介绍一个特别的数据库：基因组变异对于ceRNA调控影响的数据库LnCeVar(http://www.bio-bigdata.net/LnCeVar/index.jsp)。

LnCeVar从成千上万的样本和细胞系中识别了ceRNA事件，包括：
  1. 实验支持的循环、耐药和预后相关的lncRNA生物标志物；
  2. 来自TCGA和COSMIC的体细胞突变-ceRNA事件；
  3. 来自TCGA的CNV–ceRNA事件；
  4. 千人基因组计划中的SNP-ceRNA事件。
LnCeVar工作流程如下：
  1. 感兴趣RNA的搜索界面；
  2. 感兴趣RNA的浏览和人体图的界面；
  3. 通过搜索和浏览感兴趣RNA得到的数据表；
  4. 感兴趣RNA–变异–ceRNA事件的基本信息和miRNA结合状态；
  5. 功能分析，包括GO和KEGG富集分析；
  6. 基于相关生物学过程的感兴趣RNA的hallmark分析；
  7. 受基因组变异干扰的所有可能的与感兴趣RNA相关的ceRNA相互作用的网络图；
  8. 与感兴趣RNA相关的ceRNA的生存分析和生存曲线；
  9. 不同样品和人群中感兴趣RNA的基因组变异分布；
  10. 感兴趣RNA和相关ceRNA的聚类图；
  11. LnCeVar–BLAST的自定义序列搜索和LnCeVar–Browser的基因组搜索。

接下来我们就来看看LnCeVar的使用方法和结果展示吧！
首先，在首页搜索框直接搜索感兴趣的lncRNA/miRNA/mRNA/癌症等信息，以NEAT1为例，LnCeVar会给出该lncRNA按照基因组变异分类的整体概述结果，包括基于TCGA和Cosmic数据库中与突变相关的ceRNA结果，基于千人基因组计划获得的SNP有关的数据结果，基于TCGA数据库拷贝数变异相关的ceRNA结果，基于实验验证的突变或标志物。

然后，点击感兴趣的部分即可进入该lncRNA的详细结果部分，可以通过点击Detail获取该ceRNA的全部详细信息，或者点击后面小图标直接关注感兴趣的部分内容。

点击Detail，可以看到如下信息，并可以点击跳到不同的分析结果部分：


Basic information in LnCeVar


Variant associated binding affinity
in LnCeVar


Functional annotation in LnCeVar


Hallmark annotation in LnCeVar


Network visualization in LnCeVar


Survival analysis in LnCeVar


Samples in LnCeVar


Annotations in LnCeVar


除了搜索lncRNA/miRNA/mRNA/癌症的名字，我们还可以通过下面的方式进行搜索。

Blast in LnCeVar
我们也可在BLAST界面提交序列信息查询数据库，在LnCeVar中可获得相关RNA信息，并通过Detail information进入相关结果界面。



Genome browser in LnCeVar
我们也可在Browser界面输入染色体号和序列的区间，在LnCeVar中展示参考序列，基因组变异，ceRNA转录本和miRNA结合位点等信息。


Cluster tool in LnCeVar

我们也可在Cluster界面选择疾病和hallmark，在LnCeVar中展示了lncRNA的相似矩阵和lncRNA-mRNA的相关性。

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