OmicCircos
OmicCircos图可以对感兴趣的多个基因,展示其染色体位置、拷贝数变异等多个特征。一般可应用的场景有:可视化基因组变异,包括突变模式、拷贝数变异(CNVs)、表达模式和甲基化模式;多个芯片基因的表达变化和之间的link关系。
数据要求:
基因列表,其余想展示的基因信息(如基因表达、基因突变情况等)。
下游分析:
1. 补充展示部分的已有相关研究
2. 解释展示部分对研究课题的意义
图形示例:
图注:最外侧圈为每一条对应基因名,第二曾圈为对应染色体名称及染色体性状,其中蓝色为着丝粒位置,黑色为基因对应位置,第三圈为不同样本中基因表达情况,最内侧为基因相互作用关系。
应用示例:
文献1:Beyondepithelial‐to‐mesenchymaltransition: Common suppression of differentiation programs underlies epithelialbarrier dysfunction in mild, moderate, and severe asthma(于2017年12月发表在Allergy. ,影响因子6.771)
不同发展程度哮喘中除上皮细胞间质转换外,以抑制分化为特点的上皮屏障功能障碍
该文献采用omicCircos图,展示了哮喘中159个基因的染色体位置、层次聚类、连通性和严重程度梯度情况等特征。
文献2:Inheritedplatelet disorders: toward DNA-based diagnosis(于2016年6月发表在Blood.,影响因子16.562)
基于DNA诊断遗传性血小板疾病
该文献利用omicCircos图,展示了遗传性血小板疾病中51个基因的染色体位置、编码的氨基酸数量、影响氨基酸序列的罕见变异数量等特征。