简化基因组甲基化测序(RRBS)——高性价比的甲基化测序方案

产品介绍

简化基因组甲基化测序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing, RRBS)是通过限制性酶切的方法,富集基因组DNA上CCGG位点的片段,经Bisulfite处理和高通量测序技术,进行基因组CpG富集区域内的单碱基分辨率的甲基化测序。相对WGBS而言,RRBS技术是一种高性价比的甲基化测序方案,广泛适用于动物物种的甲基化研究,哺乳动物RRBS测序可以检测到高达0.5M以上CpG位点。


技术路线


样本要求

基因组DNA:>=2ug

样品浓度>30ng/ul; 无RNA和蛋白污染


建库测序

测序策略:Illumina HiSeq, PE150

测序深度:10G


标准化分析

1.原始数据去除低质量、去除接头污染处理

2、测序reads长度统计

3、数据处理后质量评估

4、测序数据基因组比对

5、测序数据BS转化率评估

6、酶切效率分析

7、基因组测序深度和覆盖度分析

8、胞嘧啶(C)甲基化水平计算

9、胞嘧啶甲基化状态评估

10、甲基化胞嘧啶(mC)临近区域(9bp)序列特征分析

11、CG、CHG和CHH的凭据甲基化水平

12、各基因组元件中CG、CHG和CHH的平均甲基化水平

13、不同基因组元件上的甲基化水平分布特征

14、不同基因结构元件上的甲基化水平分布特征

15、差异甲基化区域(DMRs)检测

16、差异甲基化区域(DMRs)的位置及相关基因注释

17、差异甲基化区域(DMRs)相关基因的GP富集分析

18、差异甲基化区域(DMRs)相关基因的KEGG富集分析


高级分析

19、多样性间基因组尺度甲基化水平聚类分析

20、多样本间基因组尺度甲基化水平主成份分析(PCA)

21、疾病相关甲基化分析和功能预测

22、多组学整合关联分析(需其他组学数据,如转录组数据)

23、其他定制化分析


项目周期

45个工作日

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