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——Roast代码

ROAST是一种差异表达分析方法，有助于提高统计能力、组织和解释结果以及在不同实验中的关联表达模式，一般适用于microarray、RNA-seq的表达矩阵，用limma给全部基因做差异表达分析，不需要筛差异表达基因。

基本原理：

ROAST是一种假设驱动的测试，对结果基因集做富集分析，富集分析考虑基因集中基因的方向性(上调或下调)和强度(log2倍变化)，判断上/下调基因是否显著富于集目标基因集；ROAST使用rotation,一种Monte Carlo technology 的多元回归方法，适用于样本数量较少的情况；roast检验一个gene set，对于复杂矩阵，使用mroast做multiple roasttests。

富集分析结果用barcode plot展示，使上/下调基因在目标基因集中的分布可视化。

数据要求：

表达矩阵，样本分组

图形示例：

应用示例1：于2014年6月发表在Genes Dev.，影响因子3.331

PAX5是B-ALL的主要驱动基因，研究人员实验抑制PAX5的表达，后修复该基因的表达，在修复过程中测得细胞系中基因的表达量。PAX5未处理组与PAX5-3d-Dox修复组进行差异分析,分析结果绘制基因集富集图。

粉红色表示PAX5修复过程上调基因（T> 1），蓝色表示PAX5修复过程下调基因（T <-1）；重叠区域是从大循环前B细胞小静息前B细胞在骨髓中正常的B细胞发育过程中的过渡过程中诱导（红色条）或阻遏（蓝色条）基因。红色/蓝色轨迹代表相对富集。

应用示例2：于2015年6月发表在Leukemia.，影响因子9.944

NOTCH1、IKAROS的突变与T细胞急性淋巴母细胞白血病(T-ALLs)相关，文章研究它们之间的相互调节作用。ROAST思路与上文一致,所测表达量为IKAROS修复过程中的基因表达量。

来自Ikaros基因修复的ALL65，ALL101和ALL211样本组合分析，RNA-SEQ的差异基因表达。   Ikaros基因修复上调基因是粉红色（Z>1），Ikaros基因修复上调基因是蓝色（Z<1）。 重叠区域是在小鼠T-ALL细胞系Notch抑制通路中诱导（红色条）或抑制基因（蓝色条）。红色和蓝色迹线代表相对富集。P-值通过roast方法使用上调和下调的基因计算而来。