精选文献推荐

01

ForestQC: quality control on genetic variants from next generation sequencing data using random forest



1.jpg


链接：

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/444828v3


文章信息

发布杂志：bioRxiv

发布时间：Oct 2018


一句话评价

将训练的机器学习算法与测序质量信息相结合的变异过滤方法


figure

该工具工作流程

2.jpg


02

APEC: An accesson-based method for single-cell chromatin accessibility analysis



链接：https://www.biorxiv.org/content/early/2019/05/23/646331.full.pdf


文章信息

发布杂志：bioRxiv

发布时间：May 23,2019


一句话评价

单细胞ATAC-seq分析的算法和工具包


figure

3.jpg


该工具的详细使用指南：https://github.com/QuKunLab/APEC



03

Comprehensive Integration of Single-Cell Data



4.jpg


链接：https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.05.031


文章信息

发布杂志：Cell

发布时间：June 13，2019


一句话评价

不同形式的单细胞数据整合策略


figure

5.jpg


6月13日Cell 同时发表了3篇单细胞数据整合的文章，另外两篇的链接如下：

  • Integration of Single-Cell Genomics Datasets:

    https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.05.034

  • Single Cell Multi-omic Integration Compares and Contrasts Features of Brain Cell Identity :

    https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.05.006




04

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics



6.jpg


链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29625055


文章信息

发布杂志：Cell

发布时间：2018


一句话评价

TCGA数据库临床资料官方大全，以后的数据挖掘请使用这个数据源！



figure

7.jpg


绝对是数据挖掘的好帮手，金标准！

简称为： TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource (TCGA-CDR)



05

Metagenomic analysis of colorectal cancer datasets identifies cross-cohort microbial diagnostic signatures and a link with choline degradation



8.jpg


链接：https://doi.org/10.1038/s41591-019-0405-7


文章信息

发布杂志：Nature Medicine

发布时间：01 April 2019


一句话评价

机器学习在宏基因组数据中的应用 —— 跨越人群的结直肠癌肠道菌群特征和诊断标志物


9.jpg


分享