结合WGCNA的ceRNA分析流程
1. 数据、分组和临床信息检索和下载
2. 分析其中lncRNAs、mRNAs、miRNAs表达的情况,对差异表达明显RNA进行分析;3. 差异表达mRNAs的GO分析、GO富集分析和KEGG分析,KEGG富集分析;于miRNA靶向预测,分析lncRNA-miRNA、miRNA-mRNA靶基因分析,并构建靶向预测的RNA调节网络,推测关键miRNAs;4. 基于WGCNA(点击下单此分析模块),构建基因共表达网络,确定包含差异基因最多的模块,对该模块进行关键基因分析, 共表达找到的关键基因与4中的关键基因取交集,5. 将4-5的结果关联,构建针对关键mRNA、miRNAs,lncRNA的ceRNAs网络,挑选对于生存分析最具显著性意义关键miRNAs,并绘制网络图;6. 验证筛选的关键miRNAs在癌中的生存率分析。从分期、年龄、性别,miRNA的表达分析其与预后的关系;7. 利用cox回归、lasso等算法筛选能够预测癌症病人生存预后的基因集,计算病人的风险指数,构建预测模型;此外根据数据与疾病特征的不同,具体流程会进行合理的调整。