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Bubbles

Bubbles可以同时展示pvalue和表达量。例如展示motif的pvalue和motif对应的转录因子的表达量，方便快速看出转录因子富集且高表达所在的group，预示着该分组对细胞状态的改变（例如细胞分化、转移、应激）起关键调控作用；例如做基因功能富集分析时，展示富集的通路qvalue和基因数量或geneRatio。

基本原理：

Bubbles的实质是分组数据下基因表达量或通路内基因数量的可视化，同时可以展示pvalue。

数据要求：

表达矩阵，分组

图形示例：

应用示例1：于2016年6月发表在Nature.，影响因子43.070

哺乳动物着床前胚胎中可获得染色质的情况。在哺乳动物中，广泛的染色质重组对于在着床前发育过程中重新编程最终承诺配子到全能状态至关重要。然而，全染色质及其在这一时期的动态仍然是未知的。在这里，研究人员报告了小鼠植入前胚胎中可及染色质的全基因组图谱，使用改良的转座子可及染色质分析和高通量测序（atac-seq）方法和crispr/cas9辅助线粒体dna缺失。通过整合顺式调控元件和单细胞转录体的图谱，构建了早期发育的调控网络，帮助识别谱系规范的关键调控因子。最后，发现顺式调节元件及其相关的开放染色质的活性在主要ZGA之前减弱。

鉴定早期发育过程中的候选调控因子