lncRNA芯片

lncRNA芯片

长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是一类转录本长度超过200nt、不编码蛋白的RNA。lncRNA能在表观遗传、转录及转录后水平上调控基因表达。lncRNA芯片可以快速、高效地筛选出与疾病或特定表型相关的差异lncRNA，为人类疾病的发生、发展和防治提供理论依据。

信息全面

覆盖多个数据库的lncRNA信息、涵盖全面的lncRNA序列

物种丰富

包含人、大鼠、小鼠lncRNA芯片，其他物种可以进行芯片定制

可同时检测lncRNA和mRNA

可在一张芯片上同时对lncRNA和mRNA进行检测，挖掘二者之间的关联

案例展示

案例一   梗阻性黄疸大鼠模型中胸段脊髓的lncRNA表达特征分析

研究背景

脊髓中包含复杂的功能基因和长链非编码RNA，深刻地影响病理性疾病的发生和发展。尽管阻塞性黄疸在多种临床疾病中已有报道，但胸段脊髓中lncRNA表达模式仍有待于探究。

研究内容

河北医科大学第二医院探究阻塞性黄疸模型中胸段脊髓的mRNA和lncRNA的表达模式。该文章利用lncRNA测序探究胸段脊髓中lncRNA表达特征，通过GO和KEGG富集分析对基因功能进行注释，研究了随着时间变化，阻塞性黄疸模型中胸段脊髓的mRNA和lncRNA表达模式特征。

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技术路线   

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                 mRNA/lncRNA差异表达热图
1. 构建大鼠阻塞性黄疸模型，发现BDL组大鼠呈现黄色的耳朵、血清总胆红素水平升高。
2. 对实验组和对照组进行脊髓lncRNA测序，通过散点图和热图对结果进行特征分析，共筛选得到2800个差异mRNAs以及2033个差异lncRNAs，并对差异表达的mRNA进行GO和KEGG功能注释。
3. qRT-PCR验证差异基因的表达，挑选5个上调lncRNA和5个下调lncRNA进行验证，结果发现NONRATT002335和NONRATT018085的表达量显著上调，NONRATT025415、NONRATT025388以及NONRATT025409的表达量显著下调。
4. 对模型组14天和18天的lncRNA表达进行差异分析发现，NONRATT002335和NONRATT018085的表达量显著上调，NONRATT025415、NONRATT025388和NONRATT025409的表达量显著下调。

参考文献

Wang Q, Li Z X, Liu B W, et al. Altered expression of differential gene and lncRNA in the lower thoracic spinal cord on different time courses of experimental obstructive jaundice model accompanied with altered peripheral nociception in rats. Oncotarget 2017; 8(62): 106098-106112. (IF: 5.168)

芯片类型

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