FLIbase数据库-破解癌症难题
癌症研究一直是生命科学领域中的重中之重。近年来，RNA转录水平的调控机制成为癌症研究的重要方向，影响着转录组多样性和蛋白质组的构成，与人体的生理和疾病状态息息相关。今天为大家介绍一款对癌症研究有重大帮助的数据库-FLIbase数据库。这一数据库由我们助力复旦大学何祥火课题组开发。2023年，该数据库发表于Nucleic Acids Research期刊上，整合了长读长和短读长RNA测序数据，注释全长异构体，推动了RNA诊断和治疗癌症策略的发展。
该数据库可访问地址：http://www.flibase.org
图1 FLIbase数据库网站主界面
图2 FLIBase数据库中数据收集和处理的分析过程
FLIbase数据库利用了短读长加长读长RNA测序技术，填补了之前全长转录本特征分析的空白，提供了全长转录本的准确和全面的表达，在鉴定大量以前未发现的同种型和肿瘤特异性RNA转录本方面表现出显著的优势。这些肿瘤特异性RNA转录本有可能成为免疫原性复发性新抗原的来源。为推进针对各种类型的人类癌症的基于RNA的诊断和治疗策略的发展带来了巨大的希望。
FLIBase整合了大量来自多种人体正常和癌组织及细胞的RNA测序数据，包括351个长读长样本和12,469个短读长样本。目前，数据库中包含983,789个全长剪接异构体，其中188,248个已被注释，795,541个尚未注释。
在构建数据库时，对数据进行了严谨处理。长读长测序数据来自多个公共数据库，经过复杂处理流程，如PacBio数据要经过Iso - Seq流程处理，ONT数据则要用TALON流程处理。短读长RNA测序数据来自TCGA和GTEx数据库，用于辅助注释和表达定量。对于异构体的注释和筛选也有严格标准，保留在至少5个样本中都能检测到所有剪接连接的转录本，去除可能由RNA降解等原因产生的ISM转录本。
分析模块
分析界面提供四个关键功能模块：“Specific RNA Transcripts” 可查询肿瘤和组织特异性 RNA 转录本；“Differential Expression Analysis” 用于研究肿瘤和相邻正常组织间差异表达的异构体；“Survival Analysis” 能找出与患者总生存期和无进展生存期显著相关的转录本；“Stage” 模块用于探索和肿瘤分期相关的转录本。
搜索页面
搜索界面为用户提供了三个不同的搜索选项：基因名称、基因组位置和转录组信息。进入转录本详情页，能获取转录本 ID、相关基因符号、转录本类型等丰富信息。
该数据库将定期更新，收录更多的数据，并且免费访问，在不久也将纳入单细胞全长RNA-seq数据，探索不同细胞类型和状态的同种型异质性。相信随着 FLIbase数据库功能的不断强大，我们对癌症的理解将会更深。
参考文献：
FLIBase: a comprehensive repository of full-length isoforms across human cancers and tissues.Nucleic Acids Research,2024.
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