研究共纳入28例接受NAC（Neoadjuvant Chemotherapy，新辅助化疗）联合曲妥珠单抗治疗的HER2⁺乳腺癌患者，分别收集治疗前穿刺活检样本和治疗后手术切除样本（均为FFPE）。研究在同一患者内实现“治疗前–治疗后”的纵向比较，为动态分析免疫变化提供了基础。

研究主要采用NanoString GeoMx DSP平台，在空间水平上对FFPE组织样本进行全转录组水平的检测。通过PanCK（肿瘤细胞）、CD45（免疫细胞）和CD68（巨噬细胞）等免疫荧光标记对肿瘤细胞和免疫细胞进行空间定位，并在肿瘤–免疫交互区域选取ROI，重点解析免疫细胞与肿瘤细胞间的互作关系及空间免疫微环境特征。

此外，研究结合TCGA（The Cancer Genome Atlas，癌症基因图谱数据库）队列的转录组数据、单细胞转录组数据及Visium空间转录组数据，对关键发现进行了多层次验证，进一步支持免疫分型及其与疗效之间的关联。

通过GeoMx DSP分析，发现达到pCR的患者在肿瘤–免疫界面区域显著富集与免疫激活相关的分子特征，主要包括抗原呈递通路以及B细胞和抗体相关基因（如HLA-DPB1、IGHM等）。

将治疗前患者分为两种免疫状态

• IM1型肿瘤富集CD4⁺ naïve T细胞和naïve B细胞，表现出较强的抗原呈递能力和适应性免疫“待激活”特征；

• IM2型肿瘤则富集淋巴内皮细胞（LEC）及部分记忆型T细胞，整体免疫信号更偏向调控或抑制状态。

• TM1型：TCR/B细胞受体信号通路、抗原呈递相关基因及免疫检查点通路激活，提示有效免疫应答，PCR率较高（约82%）。

• TM2型：免疫活性不足，缺乏免疫激活信号，与较差治疗结局相关，PCR率较低（约22%）。