外泌体是由多泡体与细胞膜融合后,释放到细胞外的,直径介于30-150nm的膜性小囊泡,是细胞间通讯的载体。试剂盒提取
近年来,市场上已出现各种商业化的外泌体提取试剂盒,如SBI外泌体试剂盒,Thermo Fisher的Total Exosome Isolation试剂盒等,可快速便捷地从血液样本中获得高质量外泌体。这些试剂盒不需要特殊设备,提取效率和纯化效果高,受到越来越多研究者的青睐。
超速离心法
超滤离心法
磁珠免疫法
PEG-base沉淀法
聚乙二醇(PEG)可与疏水性蛋白和脂质分子结合共沉淀,早期应用于从血清等样本中收集病毒,现在也被用来沉淀外泌体,其原理可能与竞争性结合游离水分子有关。在4℃利用PEG孵育后通过过滤或离心即可沉淀、回收外泌体。
根据国际细胞外囊泡研究协会(ISEV)针对囊泡研究提出的2018最小试验要求(MISEV2018),细胞外囊泡(EVs,含外泌体)鉴定主要分为总体表征和个体表征两部分:
总体表征
蛋白鉴定:应用Western Blot或流式细胞术对EVs的阳性标志物和阴性标志物进行表征。其中包括至少3个阳性(至少包括1个跨膜蛋白和1个细胞溶质蛋白)、1个阴性蛋白质标志物。
个体表征
粒径分析:应用动态光散射(DLS)或纳米颗粒跟踪分析(NTA)方法,对粒径分布进行分析
形态表征:应用透射电子显微镜(TEM)或原子力显微镜(AFM)方法对EVs的形态及粒径进行表征
外泌体主要内容物为RNA,包括非编码RNA(smallRNA、lncRNA、circRNA)与编码RNA(mRNA),它们在细胞间起着信息传递、调控基因表达的重要作用;以其自身能够被扩增、占比高的优势,在外泌体内容物研究、功能探索研究中热度居高不下,占据主导地位。
- smallRNA由多种小RNA组成,包括miRNA、piRNA、tsRNA、YRNA等等,它们各自发挥着不同的功能。
exoRBase、exoRBase2.0由云生物平台协助复旦大学上海肿瘤研究所黄胜林研究员团队构建,该数据库于2018年1月和2022年1月发表在Nucleic Acids Research杂志。
exoRBase是人类血液外泌体的RNA-seq数据分析的circRNA、LncRNA和mRNA的存储库,还包括已发表文献的实验验证。exoRBase对标准化RNA-seq数据的RNA表达谱进行了整合和可视化,数据涵盖了正常个体和不同疾病患者。