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immunetherapy 免疫疗法

免疫疗法是指利用人体自身免疫系统，来终止肿瘤细胞。它通过操纵免疫系统，来实现靶向癌症抗原或突破T细胞浸润的障碍。

免疫系统是癌症的重要抑制者。很多临床数据表明，肿瘤的发生与机体免疫功能密切相关，宿主免疫功能低下或受抑制往往都会导致肿瘤发生率增高。肿瘤能够发生的原因之一在于肿瘤细胞的免疫逃逸和其分泌的免疫抑制因子，导致肿瘤微环境中的免疫细胞获得免疫抑制性。因此重新激活免疫细胞，逆转肿瘤微环境的免疫抑制状态，是免疫疗法的重要目标。

应用场景

预测单个样本或者某亚型对免疫治疗的响应可能性

基本原理：

通过靶向抑制免疫检查点受体——CTLA4，PD1及其配体（PDL1，PDL2），来抵抗肿瘤微环境的免疫抑制作用，进而解除机体免疫抑制，增强免疫功能发挥抗肿瘤作用。

PD-1是共刺激受体B7 / CD28家族的成员。 它通过与其配体programmed death ligand 1（PD-L1）和 programmed death ligand 2（PD-L2）结合来调节T细胞活化。CTLA-4介导的T细胞抑制。

图注：CTLA-4和PD-1通路阻断示意图

CTLA-4 阻断可以促进T细胞的激活和增殖，减少treg介导的免疫抑制，PD-1 通路阻断可恢复已经静止的抗肿瘤T细胞的活性，双重途径阻断可以具有协同作用，导致更大和更持久的抗肿瘤免疫应答。其中CTLA-4表示 cytotoxic T-lymphocyte–associated antigen 4; MHC： major histocompatibility complex; PD-1：programmeddeath 1; PD-L1： programmed death ligand 1; TCR：T-cell receptor; Treg： regulatory T cell.

术语解读：

CTLA-4 ：cytotoxicT-lymphocyte–associated antigen 4

PD-1：programmeddeath 1

TCR：T-cellreceptor

免疫检查点：指能够激活T细胞失去效应功能的靶点

免疫检查点抑制剂（immune checkpoint inhibitor）：靶向T细胞上的受体或配体。

TIDEalgorithm：预测对免疫疗法的反应可能性的算法。

SubMap：是一种无监督方法，它估计在两个独立数据集中观察到的子类之间关联的重要性。

数据要求：

TIDE输入数据应为所有患者的基因表达谱的方阵（的压缩文件）。每一列表示患者ID，每一行表示一个基因名，可以是符号名(例如TGFB1)或Entrez ID(例如7040)。

图形示例：

图注：蓝色表示样本对免疫检查点抑制剂无应答，红色表示对免疫检查点抑制剂有应答，纵轴表示TIDE预测值。

图注：表格版TIDE预测结果。

应用示例1：于2019年6月Neoplasia.上，影响因子3.837

分析思路：

研究两种癌症亚型（HPV16-KRT，HPV16-IMM）对免疫检查点抑制剂的敏感程度，验证HPV16-IMM亚型患者免疫疗法具有更好响应。

图注：HPV16-KRT，HPV16-IMM是宫颈癌的两种亚型。HPV16-IMM更有可能对抗PD-1疗法更敏感(Bonferronicorrected P = .008) 。

应用示例2：于2012年4月发表在nature.review.cancer上，影响因子51.848