手把手带你搞定微生物基因组上传NCBI
微生物基因组上传同样分为2大的步骤：
PART1 申请Bioproject & Biosample登录号
PART2 将基因组上传至Genome数据库
常见问题
01如果物种名称是未定种，例如Streptomyces sp.，那么bioproject和biosample申请时会有一个审核的时间，一般需要1-2个工作日才会释放；
02如果是宏样本，bioproject和biosample申请时选择Metagenome，organism填写“样本来源+metagenome”，例如soil metagenome, human gut metagenome；
03基因组完成图和扫描图上传在第4步file中选项有区别，扫描图选择“2.One or more chromosomes are still in multiple pieces and/or some sequences are not assembled into chromosomes”，详细说明见视频；05质粒命名规则是p+数字/字母，例如pTA143、pE2865-1、pTB-nb1、pTB-nb2，如果没有命名的话那么设置为unnamed1、unnamed2。
微生物基因组研究示例
01Fusarium virguliforme对玉米和大豆定殖研究揭示其转录可塑性
Fusarium virguliforme Transcriptional Plasticity Is Revealed by Host Colonization of Maize Versus Soybean. Plant Cell, 2020.
真菌植物病原菌能够在宿主（植物）体内引发一系列的症状，包括植物发育的改变，植物的疾病与死亡。为了解病原体侵染植物后如何调节症状的发生类型，大量研究都集中于毒力因子的鉴别，以及这些毒力因子和植物自身免疫功能的相互作用，且大多数研究关注的是一类病原菌对应一类植物，很少有研究关注病原菌在不同植物中的表现。研究中选用的F. virguliforme真菌，能够在侵染玉米后使其不发病，而侵染大豆后使其发病。因此研究选择此两种宿主，鉴定和记录有症状的大豆和无症状的玉米在感染过程中的基因表达变化，了解真菌病原菌F. virguliforme的致病过程和致病机制。
阅读文章：Fusarium virguliforme对玉米和大豆定殖研究 揭示了其转录的可塑性
图1 真菌F. virguliforme新组装版本与老版本共线性分析。真菌F. virguliforme进行了Pacbio测序，并结合二代测序数据进行矫正，获得真菌F. virguliforme新基因组。研究中组装的F. virguliforme基因组约52Mb，含有96个contigs,N50长度达1.54Mb，该基因组较之前的版本更长，质量也更高。
02下一代益生菌——阿克曼粘细菌
A next generation probiotic, Akkermansia muciniphila. Critical Reviews in Food Science and Nutrition, 2018.
阿克曼粘细菌（Akkermansia muciniphila，A. muciniphila）在哺乳动物肠道中大量存在，2004年Derrien首次分离到单个菌落A. muciniphila，椭圆形且无鞭毛，可利用肠道粘液素作为唯一的能源物质进行生长繁殖。目前研究最多的标准菌株为MucT (ATCC BAA-835 = CIP107961T) 。A. muciniphila可参与并调节多种生理功能，如葡萄糖和脂质代谢、参与免疫反应和脑-肠轴相关途径。临床数据表明在肥胖、糖尿病和结直肠患者粪便中A. muciniphila的丰度均呈现较低状态。A. muciniphila可增强肠道屏障功能和免疫应答功能，且其代谢产物或细菌化合物可能作为肠道或肠道微生物的物质基础。代谢产生的有机酸也会阻止病原菌的入侵，进而维持肠道菌群平衡，调节宿主健康。
阅读文章：带你认识“网红”益生菌——阿克曼粘细菌
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