eDNA专题|eDNA Metabarcoding揭示不同海洋栖息地之间物种差异

eDNA宏条形码技术越来越多地被应用于环境中物种检测，尤其是水体生态系统。

近日，研究人员通过eDNA宏条形码技术检测了高度动态、温带沿海生态系统中的鱼类、甲壳类动物和真核生物，从而了解eDNA沿海栖息中的传播以及生物多样性。

通过16S、CO1宏条码测序得到reads数如下表。通过OTU聚类以及BLAST比对共保留了99个分类群，鉴定到86个属，归属于77个家族和11个门。真核生物（COI）鉴定中褐藻门（24.6%），红藻门（17.5%），脊索动物（15.8%），软体动物（15.8%）和海绵动物（10.5%）。检测到的剩余门是硅藻（5.3％），环节动物（5.3％），节肢动物（1.8％），刺胞动物（1.8％）和棘皮动物（1.8%）。COI宏条码与16S检测目标群体结果存在重叠。

结合所有metabarcoding测定的结果，不同栖息地中检测到的物种分类（下图A）和OTU（下图B）的数量不同。MF-泥滩样本中OTU丰富度最大（2069），然而BLAST鉴定结果最少；RS-岩石样本中物种最丰富度。相比之下，在所有采样的沿海栖息地之间，沙滩的OTU（505 112.1）和分类群（26.5 1.7）的丰富度最低。两个地表水（OW 1和OW 2）样点的多样性最低。

样本栖息地的群落组成也不同，表明源自不同地点的eDNA群落结构具有栖息地适应性。主坐标分析（PCoA）以及UPGMA聚类分析军表明岩石海岸样本物种分类最丰富的，与在其他地点采集的样本高度不同（下图）。

指示物种的存在或不存在能够反映环境条件。研究确定了12种指示物种：鱼（16S），2个；甲壳动物（16S），1个；真核生物（COI），9个。五种指示物种被归类为与泥滩相关的分类群包括Austrovenus sp., Gracilaria sp., Pyropia sp.等，七种与岩石海岸相关包括Bovichtus sp., Nemalion sp., Porphyra sp., Bostrychia sp.等。研究中并没有确定沙滩和代表水域栖息地相关的指示物种。所有指示物种的生态描述显示出eDNA信号具有强列的空间栖息地偏好性。指示物种在优选栖息地达到峰值，并在周围的栖息地显着减少（下图）。

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