RNA-seq报告解读：参考基因组比对

1、测序reads基因组比对结果

我们利用hisat2将Clean Reads与指定的参考基因组进行序列比对，获取在参考基因组或基因上的位置信息，以及测序样品特有的序列特征信息。

表格说明：
（1）Total reads：测序序列经过测序数据过滤后的数量统计（Clean reads）；
（2）Total mapped：能定位到基因组上的测序序列的数量的统计；一般情况下，如果不存在污染并且参考基因组选择合适的情况下，这部分数据的百分比大于70%；
（3）Multiple mapped：在参考序列上有多个比对位置的测序序列的数量统计；
（4）Uniquely mapped：在参考序列上有唯一比对位置的测序序列的数量统计；
（5）Read-1，Read-2：分别为left reads和right reads比对到参考基因组上的数量统计；
（6）Reads map to '+'，Reads map to '-'：测序序列比对到基因组上正链和负链的统计；
（7）Splice reads：Uniquely mapped reads中，分段比对到两个外显子上的测序序列（也称为Junction reads）的统计，Non-splice reads为整段比对到外显子的测序序列的统计，Splice reads的百分比取决于测序片段的长度；
（8）Reads mapped in proper pairs：双端比对上的测序序列数量统计。

2、reads在参考基因组上的分布

该分析主要以图形方式给出reads在参考基因组各个位置的分布情况，以及该位置基因的分布情况。

reads在参考基因组上的分布

图片说明：Number_of_Genes表示每个窗口中所含的基因数；Number_of_Reads则是每个窗口的平均测序深度。在y坐标轴上取值分别为log2(Number_of_Genes)，log2(Number_of_Reads)。