本研究通过对甲状腺乳头状癌三种亚型的转录组进行差异表达分析,获取甲状腺乳头状癌的三种亚型Classical, Follicular 和TallCell的特有基因,并将特有基因进行免疫相关性分析、基因panel筛选、生存分析以及靶向药物选择。获得了Classical亚型的生存相关基因Panel,并通过机器学习获得三种亚型当中与淋巴结受累情况相关的基因Panel。
本研究可为甲状腺乳头状癌的靶向药物研究提供理论依据。
分析方案:
1.TCGA甲状腺癌相关数据获取
2.筛选各亚型差异表达基因
3.分析各亚型区别于其他亚型的差异表达基因
4.各亚型特有基因GO、KEGG分析
5.各亚型特有基因与典型突变基因相关性分析
6.各亚型特有基因与免疫相关性分析
7.Classical亚型中筛选与生存相关的基因panel
8.各亚型中筛选与淋巴结受累情况相关的基因panel
9.基因Panel的靶向药物筛选