数据库|旱獭比较基因组集成平台iMarmot上线

2020年3月，VG软件团队助力合作客户于BMC genomics（IF=3.501）发表题为“iMarmot: an integrative platform for comparative and functional genomics of marmots”文章，介绍了集成旱獭比较基因组和功能基因组学的数据库——iMarmot。

旱獭是一种大型啮齿类动物，属于Marmota属，现存共14个种，主要栖息在丘陵和高山草甸中，有冬眠的习性。受到全球气候变化的影响，栖息地的林线上升，使得旱獭逐渐成为世界上濒危的哺乳动物之一。作为鼠疫的携带者，旱獭的活动也受到流行病学家所关注。基于物种保护和鼠疫防治的目的，人们针对旱獭展开了大量的研究。随着研究的不断推进和二代测序的发展，产生了大量的旱獭基因组和转录组数据，然而现在还缺乏能够保存、利用和分析这些数据的数据平台。

根据这一目的，作者开发了具有在线分析工具的marmont数据库（http://www.marmotdb.org/），其中收录了14种旱獭的生物学信息，6种旱獭基因组序列，以及多个与冬眠和鼠疫相关的表达谱数据。为了协助基因组和转录组分析，数据库集成了一组分析与可视化工具，包括KEGG/GO富集分析，PCA，Blast，Muscle，GeneWise，Lastz和JBrowse，以及一个能够可视化展示基因表达变化的DEG模块。该数据库能够为研究人员了解旱獭生物学特性提供全面的信息和分析平台。

图1. iMarmot数据库首页

图2. iMarmot数据库的数据与功能

iMarmot数据库地址：http://www.marmotdb.org/

参考文献：