精选文献推荐

Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial

DOI：https://doi.org/10.15252/msb.20188746

杂志：Molecular Systems Biology

时间：19 June 2019

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这是一篇比较新且详细介绍scRNA-seq数据处理的文章，包括预处理（质控、标准化、数据校正、特征选择、降维），细胞和基因水平的下游分析，整合出了一个workflow，并在一个公共数据集中做了应用，流程放在了 https://www.github.com/theislab/single-cell-tutorial。github上还提供了教程，可以帮助新手快速了解现有工具和分析流程，有经验的分析者也可以借鉴优化自己的流程。

DolphinNext: A graphical user interface for creating Nextflow pipelines

DOI：https://doi.org/10.1101/689539

杂志：bioRxiv

时间：Sep, 2019

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DolphinNext能够极大限制的简化Nextflow流程的构建过程

Giotto, a pipeline for integrative analysis and visualization of single-cell spatial transcriptomic data

这篇文章介绍的是对单细胞空间转录组数据进行整合分析和可视化的流程——Giotto

使用教程：