lncRNA调控预测在线网站推荐!

lncRNA的研究越来越热,但是lncRNA主要是做为基因功能的调节者,发挥关键作用的还是编码蛋白的基因。所以,做lncRNA分析的关键是将lncRNA与其他分子进行关联。基于lncRNA能通过不同的作用机理与各类分子进行相互作用,今天我们介绍3个对lncRNA功能进行预测的网站,这些网站操作简单,容易上手操作。


1. lncRNA-miRNA相互作用预测:

lncRNA做为miRNA的靶基因,可以同基因竞争结合miRNA,从而形成内源性的竞争网络(ceRNA 网络)调节基因的表达。LncBase网站能对人类的miRNA和lncRNA 相互作用进行预测。

LncBase网址: http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex
  1. 该网站页面简洁,使用方便,输入miRNA和lncRNA的 ID编号即可预测。
  2. 支持基于实验验证数据的预测,也支持基于算法的电子预测
  3. 如果有大量的miRNA或lncRNA需要进行批量的预测,也可以下载该数据库里的数据,进行本地的预测。

2. lncRNA-RNA互作预测分析:LncTar

lncRNA除了跟miRNA进行相互作用以外,还可以通过碱基互补配对的方式同其他类型的编码或者非编码RNA 进行相互作用。LncTar网站就可以对这种互补配对关系进行预测。

LncTar网址: http://www.cuilab.cn/lnctar
  1. 该网站的使用也非常的方便,只需要输入lncRNA 和target的RNA序列即可。
  2. 网站支持预测软件的下载,方便在本地进行大规模的预测分析

3. lncRNA-蛋白互作预测分析:LncPro

lncRNA 除了能通过碱基互补配对的方式同一些RNA进行相互作用以外,还可以通过一定的空间结构与蛋白进行相互的作用。LncPro能对这种相互作用关系进行预测。

LncPro网址: http://bioinfo.bjmu.edu.cn/lncpro/
  1. 该网站操作简单,输入lncRNA和蛋白质的序列即可进行相关作用的预测
  2. 支持预测软件的下载,方便在本地机器上对大量的lncRNA和蛋白相互作用关系进行预测。

通过这三类相关作用关系的预测,方便找到关键的lncRNA进行进一步的研究,感兴趣的小伙伴赶紧去试试吧!
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