1、miRecords 网站链接：http://c1.accurascience.com/miRecords 动物miRNA的靶相互作用的数据库，包括人工收集实验验证的，预测的miRNA的靶目标。靶标预测工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS.
2、PMRD 网站链接：http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD PMRD是一个关于植物microRNA数据库，包括了microRNA序列和它们的靶基因、二级结构、表达谱、基因组搜索等等，并且该数据库尝试着整合大量的关于植物microRNA的数据。
3、MicroRNAdb 网站链接：http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/micrornadb/index.php MicroRNAdb是一个关于microRNA的综合性数据库。相比其他数据库，MicroRNAdb搜集的microRNA更完整且进行了充分的注释。如今，该数据库有732个microRNA序列的条目和439个详细的注释。
4、miRNAMap 网站链接：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw miRNAMap数据库搜集了多个物种的经过试验证明的microRNA和miRNA靶基因，其中包括人类的、小鼠的、大鼠的以及其他多细胞动物的基因组。
5、Vir-Mir 网站链接：http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi Vir-Mir数据库提供预测的病毒miRNA的候选发夹结构序列。
6、ViTa 网站链接：http://vita.mbc.nctu.edu.tw ViTa数据库搜集来自miRBase、ICTV、VirGne、VBRC等数据库的病毒数据，包括了已知的病毒的miRNA以及相应的由miRanda和TargetScan预测的宿主miRNA靶基因。ViTa还提供有效的注释，包括人类miRNA的表达情况，病毒感染的组织等。
7、PolymiRTS 网站链接：http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/自然产生的miRNA的靶标位点DNA变异的数据库.
8、WMD3 网站链接：http://wmd3.weigelworld.org./cgi-bin/webapp.cgiWMD3 designs artificial microRNAs (amiRNAs). The 21mer amiRNA21mers can specifically silenceg single or multiple genes of interest in more than 90 plants. From Max Planck Institute for Developmental Biology, 72076 Tübingen, Germany.
9、TargetScan 网站链接：http://www.targetscan.org/TargetScan是通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的保守的8mer和7mer位点来预测靶基因。
10、microRNA.org 网站链接：http://www.microrna.org/miRanda数据库提供了关于人类、果蝇和斑马鱼基因组的microRNA靶目标的预测信息以及miRNA在不同组织的表达谱。
11、PicTar 网站链接：http://www.pictar.org/icTar是通过一定计算法则来鉴定microRNA的靶目标的。该可搜索的网站可以提供以下物种的关于microRNA靶目标的预测详细信息，包括：脊椎动物、七个果蝇种类、三个线虫种类和人类的非保守但共表达的microRNA的靶目标（例如：表达在同一组织的microRNA和mRNA）。
12、RNAhybrid 网站链接：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/RNAhybrid是一种用于寻找一条长链RNA和一条短链RNA的最小配对自由能的工具，是通过一种域码来实现的。例如一条短链序列结合到长链的最佳位置上。该工具主要作为microRNA靶基因预测用.
13、microInspector 网站链接：http://bioinfo.uni-plovdiv.bg/microinspector/microInspector提供miRNA结合位点的预测。
14、TripletSVM 网站链接：http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/mirnasvm/TripletSVM是一个用于预测一个具有发夹结构的被查询序列是否是一个真正的miRNA前体物的程序.
15、S-MED 网站链接：http://www.oncomir.umn.edu/SMED/index.phpS-MED（肉瘤microRNA表达数据库）是一个存储miRNA表达谱的数据库，这些miRNA是在多种人的肉瘤中以及一些选择的正常组织中发现的。
16、PMRD 网站链接：http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/植物microRNA数据库
17、starBase 网站链接：http://starbase.sysu.edu.cn/starBase从高通量的CLIP-Seq实验数据（CLIP-Seq和HITS-CLIP）和降解组实验数据中（degradome sequencing）搜寻micorRNA的靶标。提供了各式各样的可视化界面去探讨microRNA的靶标。
18、PITA 网站链接：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.htmlPITA基于靶位点的可接性（target-site accessibility）预测microRNA的靶标。
19、miRTarBase 网站链接：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/一个全面收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。
20、miRanda 网站链接：http://www.microrna.org/microrna/home.domiRanda是John等于2003年5月开发的第一个miRNA靶基因预测软件。miRanda适用范围广泛，不受物种限制，同时提供了windows,linux,和macintosh多平台版本，可以下载到本地运行。碱基互补方面，miRanda算法和Smith-Waterman算法相似，但它以碱基互补（如A=U,G≡C等）代替Smith-Waterman算法中的碱基匹配(如A-A,U-U等)来构建打分矩阵，允许G=U错配，为了体现miRNA3’端和5’端和靶基因作用过程中的不对称性，软件给出了scale参数（5’端11个碱基得分值乘以该值，然后和3’端11个碱基得分值相加作为碱基互补得分）。同时强调miRNA第2到4位碱基和靶基因精确互补，第3到12位碱基和靶基因错配不得多于5个，9到L-5（L为miRNA总长）位碱基至少一个错配，最后5个碱基错配不得多于两个。
21、RNAhybrid 网站链接：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/RNAhybrid是Behmsmeier M等[15]基于miRNA和靶基因二聚体二级结构开发的miRNA靶基因预测软件。RNAhybrid预测算法禁止分子内、miRNA分子间及靶基因间形成二聚体，根据miRNA和靶基因间结合能探测最佳的靶位点。尽管随着靶基因序列长度增加，运算复杂度也相应增加，但RNAhybrid和其它RNA二级结构预测软件诸如mfold, RNAfold, RNAcofold和pairfold相比，仍具有明显的速度优势。此外，RNAhybrid允许用户自定义自由能阈值及p值，也允许用户设置杂交位点的偏向，如杂交位点必须包含miRNA 5’端2-7nt等。以上就是分享的32个网站，本文内容转载自PLOB
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