功能富集分析的工具

关于基因的功能富集分析，大家最熟悉的就是GO和KEGG pathway分析了，除了R语言外，我们梳理4个功能富集分析的工具：

1. DAVID：https://david.ncifcrf.gov/

相信大家都听过这个网站了，我们输入基因名，选择好物种后就可以直接用了：

选择物种：

选好物种后：

既可以单独看单个基因的结果，直接单击蓝柱子就可以：

又可以看综合的结果，单击chart就可：

结果可下载，各种图都可以自己画。

2. FUNRICH：http://www.funrich.org/

这个软件分析的物种仅限于人，所以直接导入基因名：

然后富集分析就好了：

结果可以直接出图：

3. String：https://string-db.org/

关于String，大家知道的最多的是分析蛋白相互关系，其实string也可以做GO和Pathway分析，选择多个蛋白后，输入基因列表后选择物种human：

就出来了我们看到的最多的图：

另外，在Analysis里面就可以看到GO和pathway的分析结果了：

同样，结果可下载导出。

4.GeneAnalytics:https://ga.genecards.org/

GeneAnalytics是GeneCardsSuite的一个网站，需要注册才能使用，注册后直接选择物种，人或者小鼠，然后输入基因名字：

单击Analyze就可以了，在结果中包括了组织、细胞、疾病、信号通路、GO分析、表型和化合物：

我们可以分别打开看：