引用程序和文献

转录组分析模块，均源于该领域公开发表文献中，广受认可的算法和开源程序。

详细信息，参考软件内置模块帮助文档，或点击在线帮助文档，进行查看。

简介如下所示：

1、原始数据碱基分布图和质量分布图

FASTX-Toolkit v0.0.13（http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/）

2、原始数据质控

Trimmomatic v0.32 ( http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic )

Bolger, A.M., Lohse, M., & Usadel, B. (2014). Trimmomatic: A flexible trimmer for Illumina Sequence Data. Bioinformatics, btu170.

3、RSEM表达量计算（Transcripts Based）

Bowtie-0.12.7（http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml）

Bowtie2-2.1.0（http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml）

RSEM-1.2.26（http://deweylab.github.io/RSEM/）

Langmead B, Trapnell C, Pop M, Salzberg SL. Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome. Genome Biol 10:R25.

Langmead B, Salzberg S. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nature Methods. 2012, 9:357-359.

Bo Li and Colin N Dewey. RSEM: accurate transcript quantification from RNA-Seq data with or without a reference genome. BMC Bioinformatics201112:323.

4、eXpress表达量计算（Transcripts Based）

Bowtie-0.12.7（http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml）

Bowtie2-2.1.0（http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml）

eXpress-1.5.1（http://bio.math.berkeley.edu/eXpress/）

Langmead B, Trapnell C, Pop M, Salzberg SL. Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome. Genome Biol 10:R25.

Langmead B, Salzberg S. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nature Methods. 2012, 9:357-359.

Roberts A and Pachter L (2012). Streaming fragment assignment for real-time analysis of sequencing experiments. Nature Methods.  

5、 差异表达分析

R语言（v3.2.1）edgeR包（v3.10.2）（http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/edgeR.html）

R语言（v3.2.1）DESeq2包（v1.8.1）（http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq2.html）

R语言（v3.2.1）limma包（v3.24.14）（http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html）

Robinson MD, McCarthy DJ and Smyth GK (2010). edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data. Bioinformatics 26, 139-140.

Michael I Love, Wolfgang Huber and Simon Anders (2014): Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-Seq data with DESeq2. Genome Biology.

Ritchie, M.E., Phipson, B., Wu, D., Hu, Y., Law, C.W., Shi, W., and Smyth, G.K. (2015). limma powers differential expression analyses for RNA-sequencing and microarray studies. Nucleic Acids Research 43(7), e47.

6、TMM方法标准化Count数据

R语言（v3.2.1）edgeR包（v3.10.2）（http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/edgeR.html）

Robinson MD, McCarthy DJ and Smyth GK (2010). edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data. Bioinformatics 26, 139-140.

7、PCA分析和作图

R语言（v3.2.1）中的PCA统计和分析函数

8、   PCoA分析和作图

R语言（v3.2.1）中的PCoA统计和分析函数

9、相关性系数计算和作图

R语言（v3.2.1）进行相关性系数分析、聚类分析和作图（cor、hclust）

10、距离矩阵计算

R语言（v3.2.1）进行距离矩阵的运算（dist）

11、距离矩阵热图

R语言（v3.2.1）进行距离矩阵的可视化作图

12、FPKM分布曲线

R语言（v3.2.1）进行密度曲线的计算和绘制（density）

13、差异基因热图

R语言（v3.2.1）中的cor函数进行相关系数计算，dist函数进行距离计算，hclust函数进行样品和基因间的聚类

14、FPKM箱线图

R语言（v3.2.1）ggplot2包（v2.2.1）中的boxplot相关功能进行盒形图的绘制

15、维恩图

R语言（v3.2.1）进行维恩图的绘制

16、 差异基因子表达模式分析

R语言（v3.2.1）中的kmeans函数进行k-means聚类，cor函数进行相关系数计算，dist函数进行距离计算，hclust函数进行差异基因间的层次聚类，cutree函数进行层次聚类结果的划分

17、差异基因子表达模式网络图

R语言（v3.2.1）Hmisc包（v3.16-0）中的rcorr函数进行相关性检验，根据检验p值和相关性系数确定基因间的连通性

18、基因调控网络图

R语言（v3.2.1）Hmisc包（v3.16-0）中的rcorr函数进行相关性检验，根据检验p值和相关性系数确定基因间的连通性

19、差异基因GO注释

goatools v0.5.7（https://github.com/tanghaibao/goatools/）

Haibao Tang et al. (2015). GOATOOLS: Tools for Gene Ontology. Zenodo. 10.5281/zenodo.31628.

20、差异基因GO富集分析

goatools v0.5.7（https://github.com/tanghaibao/goatools/）

Haibao Tang et al. (2015). GOATOOLS: Tools for Gene Ontology. Zenodo. 10.5281/zenodo.31628.

21、差异基因GO富集结果散点图

R语言（v3.2.1）ggplot2包（v2.2.1）中的geom_point相关功能进行GO富集散点图的绘制

22、差异基因GO富集结果柱状图

R语言（v3.2.1）ggplot2包（v2.2.1）中的geom_bar相关功能进行GO富集柱状图的绘制

23、富集GO节点有向无环图

goatools v0.5.7（https://github.com/tanghaibao/goatools/）

Haibao Tang et al. (2015). GOATOOLS: Tools for Gene Ontology. Zenodo. 10.5281/zenodo.31628.

24、差异基因KEGG注释

KOBAS v2.0-20150126（http://kobas.cbi.pku.edu.cn）

Xie, C., Mao, X., Huang, J., Ding, Y., Wu, J., Dong, S., Kong, L., Gao, G., Li, C. and Wei, L. (2011) KOBAS 2.0: a web server for annotation and identification of enriched pathways and diseases. Nucleic Acids Res, 39, W316-322.

25、差异基因KEGG富集分析

KOBAS v2.0-20150126（http://kobas.cbi.pku.edu.cn）

Xie, C., Mao, X., Huang, J., Ding, Y., Wu, J., Dong, S., Kong, L., Gao, G., Li, C. and Wei, L. (2011) KOBAS 2.0: a web server for annotation and identification of enriched pathways and diseases. Nucleic Acids Res, 39, W316-322.

26、差异基因KEGG富集结果散点图

R语言（v3.2.1）ggplot2包（v2.2.1）中的geom_point相关功能进行KEGG富集散点图的绘制