目标区域深度统计

　　分析模块，输入按坐标排序过的bam比对结果文件和bed区间信息文件，统计bed文件中，目标区间内比对结果的深度信息。

　　关于SAM/BAM格式的介绍，参考分析模块 "Map with BWA" 的帮助文档，或者参考：（https://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf）。

　　关于BED格式的介绍，参考：（http://asia.ensembl.org/info/website/upload/bed.html）。

　　输入：

       1、坐标排序过的bam比对结果文件。

       2、bed区间信息文件。

　　示例：

chr1   2000         4000

chr2   13500       15000

chr3   23000       25000

　　输出：

       bed文件内，每个区间内比对结果的深度信息。

　　示例：

chr1   2000         4000         287685     143.84

chr2   13500       15000       219340     146.23

chr3   23000       25000       294815     147.41

注：

追加的第四列为，bed区间内比对上的碱基总数。

追加的第五列为，bed区间内碱基的平均深度，计算方式为：第四列的值除以bed区间长度。

　　分析模块引用了SAMtools v0.1.19软件中的bedcov命令进行深度信息的统计（http://samtools.sourceforge.net/）。

　　相关文献如下所示：

Li H.*, Handsaker B.*, Wysoker A., Fennell T., Ruan J., Homer N., Marth G., Abecasis G., Durbin R. and 1000 Genome Project Data Processing Subgroup (2009) The Sequence alignment/map (SAM) format and SAMtools. Bioinformatics, 25, 2078-9. [PMID: 19505943]

Li H A statistical framework for SNP calling, mutation discovery, association mapping and population genetical parameter estimation from sequencing data. Bioinformatics. 2011 Nov 1;27(21):2987-93. Epub 2011 Sep 8. [PMID: 21903627]