构建参考序列BWA比对索引

　　分析模块，根据输入的参考序列文件（fasta格式），建立BWA比对索引文件，用于后续的BWA软件比对。

　　同时，也可以使用，预先构建好索引的序列文件。目前包含：人类hg19参考序列。

　　注：前者需提供序列文件，花费时间创建对应序列文件的BWA参考索引。后者直接使用预先创建好的序列索引。

　　输入：

       fasta格式的参考序列文件。

　　示例：

>chr1

ATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGACGGCAATCGCCGTATTCACTAACACCG

CGTCGGCCCCCATTTCCAGCGCCTGCGCGGCATGGCTGGGAACGCCGATGCCAGCATCGA

CAACCACCGGCACTGTGGCCTGCTGGATAATAATCTCCAGCATGGCGCGGGTTTCCAGTC

CCTGATTCGAGCCAATCGGCGCGCCGAGCGGCATCACCGCTGCACAGCCGACTTCTTCCA

GACGTTTACACAATACCGGATCGGCCCCGCAGTAAGGCAGCACGACAAATCCCTGTTGTA

>chr2

CCAGCGTTTCGGCGGCTTTCAGGGTTTCGATGGGATCGGGCAACAGCCAGCGGGCGTCAG

GGTGAATCTCTAATTTTAACCAGTTTGTGCCTAACGCTTCACGAGCCAGATGGGCGGCGA

AAATGGCTTCTTCCGCTGTTTTCGCCCCGGATGTATTTGGCAGCAGGGTCACACCCGCCG

CGATAAGCGGTTCGAGGATAGCGTCGTTGTGCTGGCGCAAGTCGACACGTTTCATCGCCA

GTGTCACCAGCTGGCTGCCGGAAGCGCGGATCGCCTCCACCATCAGTTGTGAAGAAGCGA

ATTTCCCTGTGCCGGTAAACAGATGTGAATCAAACGTTTTGTCCGCAATACGTAACATTT

CAACCCCCTGCAATAACCTGAAAAAGCAGGATCTGGTCGCCATCCTGCACGATATGTTGC

GCCCACTGCTCACGCGGGACGATTTGCTGATTAATCGCCAGAGCCGCGCCCGCTTGTCGT

　　输出：

　　包含构建好BWA索引的参考序列文件（fasta格式）。

　　注：假设输出为ref_index.fasta，则索引由以下后缀的文件组成，包含：

ref_index.dict

ref_index.fasta （fasta格式的参考序列文件）

ref_index.fasta.amb

ref_index.fasta.ann

ref_index.fasta.bwt

ref_index.fasta.fai

ref_index.fasta.pac

ref_index.fasta.sa

　　分析模块引用了BWA v0.7.12软件（http://bio-bwa.sourceforge.net/）。

　　相关文献如下所示：

Li H. and Durbin R. (2009) Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler Transform. Bioinformatics, 25:1754-60. [PMID: 19451168]

Li H. and Durbin R. (2010) Fast and accurate long-read alignment with Burrows-Wheeler Transform. Bioinformatics, Epub. [PMID: 20080505]