Affymetrix基因分型常见问题解答

1.昂飞的定制芯片有最小起订量要求吗？如果有，最小起订量是多少？

答：昂飞的MyDesign定制芯片有最小起订量要求，最小起订量为480样品，如果客户的样品量小于480个样品的话，我们按照480个样品的总量收费。

2.定制芯片需要客户提供什么信息？

答：客户需要提供所感兴趣的位点的信息，位点信息按照以下方式提供：

位点编号（如rs12693932）；如果是没有编号的位点（例如客户自己测序结果中的denovo mutation），需要客户提供位点的突变类型和上下游序列，上下游序列不少于30bp。

3.华大能提供昂飞GeneChip（例如GenomeWide 6.0芯片）的分型服务吗？

答：华大使用的是昂飞公司的最新分型平台GeneTitan自动分析仪，此平台仅适用于Axiom芯片，GeneChip系列无法应用于此平台。但是Axiom芯片种类繁多，可以替代GeneChip。

4.Axiom芯片与GeneChip相比有什么优势？

答：Axiom芯片的工作原理与老式的GeneChip完全不一样，这种改进的工作流程可以大大降低信噪比，增加实验的灵敏度与严谨性。同时，GeneTitan平台的自动化流程能够将实验误差降低到最小。

半定制的Axiom芯片能够在原芯片的基础上添加客户感兴趣的位点，大大优化了疾病研究或群体研究的位点覆盖，这些位点可以是客户已有的，也可以选自Axiom基因组数据库。

5.FFPE样品可以用于Axiom芯片分型实验吗？

答：FFPE样品目前无法用于Axiom芯片。

6.昂飞的芯片能分析CNV吗？

答：昂飞的Axiom系列芯片没有设计用于检测CNV的探针，因此无法检测CNV。如果老师想检测CNV的话，可以考虑用illumina的芯片或者全基因组测序等其他方法代替。

7.昂飞的芯片分型平台能对多倍体物种进行分型吗？

答：是的，昂飞的芯片可以对多倍体物种进行分型，昂飞芯片已经应用于多个多倍体物种的基因分型项目，并获得了很好的结果。